בהקשרים רשמיים מדינת יפן נקראת ניפּוֹן ובהקשרים לא רשמיים המדינה נקראת ניהוֹן. ההבדל בצורות ההגיה הוא שתי שיטות הקריאה השונות הנהוגות ביפנית. אם כי בשתי ההגיות המילה נכתבת באותם הסימנים, 日本, שמשמעותם "השמש העולה". זהו גם מקורו של הכינוי של המדינה במערב, "ארץ השמש העולה". מקור השם הוא מכך, שהמדינה נמצאת מזרחית לסין, שבתקופת שושלת סווי הסינית, עמדה בקשרים דיפלומטיים עם הקיסרות היפנית.
מקור השם העברי (כמו גם בשפות רבות אחרות) "יפן" ("Japan") מגיע מצורת הביטוי "ניפון". הפעם הראשונה ששם המדינה נכתב באותיות לטיניות הייתה בשנת 1565, ונכתב Giapan.