בשנת 1983 פרש מהמפד"ל יחד עם הקבוצה שהקימה את סיעת מצ"ד , וחזר עמם למפד"ל בשנת 1986 . באותה שנה מונה לכהן כמזכ"ל המפד"ל. בשנת 1988 נבחר לראשונה לכנסת מטעם המפד"ל, ובשנת 1996 מונה בממשלת בנימין נתניהו לשר האנרגיה ולשר התחבורה , אך שלושה שבועות לאחר הקמת הממשלה ויתר על תיק האנרגיה לצורך הקמת משרד התשתיות הלאומיות לשר אריאל שרון . בשנת 1998 , משנפטר יו"ר המפד"ל, השר זבולון המר , נבחר לוי למחליפו כיו"ר המפד"ל וכשר החינוך והדתות (במשרד הדתות כיהן רק עד 13 בספטמבר 1998). בשנת 1999 מונה לשר השיכון והבינוי בממשלת ברק והתפטר מן הכנסת. בשנת 2000 פרש מהממשלה בעקבות ועידת קמפ דייוויד .
במהלך מבצע חומת מגן (8 באפריל 2002 ) נכנס לכהן בממשלת האחדות בראשות אריאל שרון כשר בלי תיק ועם פרישת האיחוד הלאומי מהממשלה, בספטמבר אותה שנה, מונה לשר התיירות [ 1] . בשנת 2003 נבחר שוב לחבר כנסת ומונה לסגן שר הדתות . משפורק משרד זה היה לסגן שר במשרד ראש הממשלה. בשנת 2004 תיאם עמדות עם יו"ר המפד"ל אפי איתם והם התפטרו מתפקידם בקואליציה עקב התנגדותם לתוכנית ההתנתקות [ 2] .
בפברואר 2005 פרש מהמפד"ל, יחד עם אפי איתם, במחאה על הישארותה בקואליציה של ממשלת שרון והשניים הקימו את מפלגת אח"י . באותה השנה התמזגה הסיעה אל תוך האיחוד הלאומי , שבה היה חבר עד פרישתו מהחיים הפוליטיים בחודש דצמבר 2008 [ 3] , עקב יציאה לפנסיה .
יצחק בן דניאל לוי (1947-) , דף שער בספרייה הלאומית
יצחק לוי , באתר הכנסת
יצחק לוי , באתר כנסת פתוחה
הרב יצחק לוי , באתר האיחוד הלאומי
עדי גרסיאל , הכהונה של לוי , באתר ערוץ 7 , 18 במרץ 2004
מיכאל טוכפלד , יו"ר המפד"ל לשעבר ממשיך לשמור על הבית , בעיתון מקור ראשון , 19 בפברואר 2019
משה מאירסדורף, "הרב נריה היה זה ששכנע אותי ללכת לפוליטיקה" , בעיתון מקור ראשון , 2 בדצמבר 2020
כל הכתבות על הרב יצחק לוי , באתר ערוץ 7
^ סמדר שמואלי, שרון לקח את המינהל, איתם נותר עם תשתיות מקוצצות , באתר ynet , 18 בספטמבר 2002
^ אטילה שומפלבי ואילן מרסיאנו, השר איתם והרב לוי הניחו מכתבי התפטרות , באתר ynet , 8 ביוני 2004
^ קובי נחשוני , צרות ב"בית היהודי": יצחק לוי פורש מהפוליטיקה , באתר ynet , 3 בדצמבר 2008
^ צבי זרחיה, הצעת חוק: פרסום סקרים - עד יום שישי לפני הבחירות , באתר הארץ , 1 בינואר 2007