מעגל קרבס – הבדלי גרסאות
תוכן שנמחק תוכן שנוסף
אין תקציר עריכה |
|||
שורה 57:
בריאקציה, פחמן המתיל מקבוצת האצטיל של האצטיל קואנזים A, מצטרף לקבוצת הקרבוניל (C-2) של האוקסלואצטט. בשלב זה נוצר תוצר ביניים באתר הפעיל של האנזים - ציטרואיל קואנזים A, אשר עובר במהירות [[הידרוליזה]] ומשחרר מולקולות ציטראט וקואנזים A חופשיות.
האנזים ציטראט סינתאז המצוי אצל [[בעלי חיים]], [[צמחים]], [[פטריות]], [[ארכיאה]] ו[[חיידקים גראם-חיוביים]] מורכב מ-2 דומיינים, קטן וגדול, וביניהם נמצא האתר הפעיל של האנזים, ובו 2 אתרי קשירה - האחד לציטראט או לאוקסלואצטט והשני לקואנזים A. האתר הפעיל מורכב מ-3 שיירי [[חומצות אמינו]] ("[[שלשה קטליטית]]") החיוניים לפעילותו
שלבי הריאקציה (דיאגרמה מצד שמאל):{{הערה|1=Cox DL, Nelson MM (2005). Lehninger Principles of Biochemistry (4th ed.). New York: W.H. Freeman. pp. 608−9. {{ISBN|978-0-7167-4339-2}}}}
# בשלב הראשון מתרחשת [[דה-פרוטונוציה]] של פחמן האלפא של האצטיל קואנזים A על ידי שייר ה[[קרבוקסילט]] הטעון מטען שלילי של Asp<sup>375</sup> התוקף אותו. באופן זה נוצר תוצר ביניים אניון [[אנול|אנולט]].
# בשלב השני, יון האנולט מיוצב על ידי פרוטונוציה על ידי His<sup>274</sup>, כך שנוצר תוצר ביניים אנולי נייטרלי (<chem>H2C=C(OH)-SCoA</chem>).
# בשלב השלישי מתרחשת הידרוליזה על הקשר התיאו-אסטרי, כאשר חנקן האפסילון של His<sup>320</sup> גורם לדה-פרוטונוציה של מולקולת מים, וזוג אלקטרונים בלתי קושרים של אחד מאטומי החמצן של המים יוצר התקפה נוקליאופילית על הפחמן הקרבונילי של ציטרואיל קואנזים A. מתקבל תוצר ביניים [[טטראהדר|טטראהדרלי]], ולבסוף פליטה של מולקולת S-CoA שעוברת פרוטונוציה לאחר מכן והופכת ל-SH-CoA (הצורה הרגילה של קואנזים A, עם קבוצת [[תיול]]). לבסוף מתרחשת דה-פרוטונציה של ההידרוקסיל שנקשר לקרבוניל, ומתקבל ציטראט.
[[קובץ:Citrate Synthase Mechanism Drew Beck revised OH.png|250px|שמאל|ממוזער|800px|מנגנון הריאקציה של ציטראט סינתאז (כולל השיירים הקטליטיים המעורבים).]]
| |||