מרקורי-אטלס 6 – הבדלי גרסאות

תוך כדי תחילת ההקפה השנייה ובמעבר מעל קייפ קנוורל, בקר המשימה בקרקע דון ארביאן שם לב כי חיישן האחראי על מערכת הנחיתה (מקטע 51) נותן נתונים מוזרים, שמגן החום ומערך הנחיתה כביכול לא נעולים במקומם. אם נתונים אלו היו נכונים, מגן החום הוחזק במקומו על ידי רצועות המנועים בלבד.{{הערה|שם=קראנץ|ג'ין קראנץ, בספרו Failure is not an option, זכרונות מנהל הטיסה ממרקורי, ג'מיני ואפולו, פרק 3 - God speed john Glenn, עמ'55–77, {{ISBN|0-425-17987-7}}}} מרכז הבקרה הורה לעקוב אחרי נתוני החיישן והציע לגלן להעביר את חיישן למצב "כבוי". גלן לא שם לב לבעיה באופן מיידי, אבל הוא התחיל לחשוד כשמרכז הבקרה ביקש לוודא שהחיישן היה כבוי. בינתיים, החללית פרנדשיפ 7 חצתה שוב את האוקיינוס האלנטי וגלן היה עסוק בבקרת הכוון ידנית של החללית תוך כדי ניסיון להשלים כמה שיותר משימות מהמשימות שהיו בתוכנית הטיסה.

 

 

בינתיים, הטמפרטורה בחליפת החלל של גלן עלתה מדי. הוא ניסה לתקן את השליטה בטמפרטורת החליפה תוך כדי הטיסה מעל האוקיינוס ההודי ומעבר מעל אוסטרליה. תוך כדי התיקון, נדלקה נורה המעידה על עודף לחות בתוך החללית. במשך שארית הטיסה גלן היה צריך לאזן את החליפה שלו לעומת הלחות בתוך פנים החללית. בזמן שהוא היה עדיין מעל אוסטרליה, עוד נורית אזהרה נדלקה, המציינת כי אספקת הדלק עבור מערכת הבקרה האוטונומית ירדה ל־62%. תחנת השליטה של מרקורי המליצה לגלן להרפות משמירה על הכוון החללית כדי לחסוך בדלק. גלן המשיך באופן ידני לשלוט על ההכוון כדי לא להסחף יותר מדי. בכך, הוא השתמש ביותר דלק ממה שהיה נדרש על ידי מערכת בקרת ההכוון האוטונומית. צריכת הדלק הייתה 2.7 ק"ג מהמכל של הבקרה האוטונומית ו־5.4 ק"ג מהמכל הידני במהלך ההקפה השנייה, כמות השווה לכמעט 30% מכלל כמות הדלק.