פרץ הכהן – הבדלי גרסאות

חיבור נוסף של רבי פרץ הוא ספר '''מערכת האלהות''' {{הערה|1=[http://hebrewbooks.org/7110 מערכת האלהות].}} הכולל [[דרשנות|דרשות]] [[קבלה|קבליות]] על ה[[תורה]]. לא ברור האם דרש אותן ב[[בית כנסת]] או בפורום מצומצם יותר, ובכל מקרה אלו דרשות מעמיקות אשר אין להבינן ללא ידיעה קבלית מוקדמת. אחד ממאפייני החיבור הוא הגדרה והשוואה של כל פרט מה[[חטא]]ים בכלל התורה (לדוגמה [[חטא עץ הדעת]], [[דור המבול]], [[דור הפלגה]], [[סדום ועמורה|אנשי סדום]], [[קורח|קורח ועדתו]] ועוד), והבנתם כבאים מאותו מקור ספציפי של [[רע]], עם מטרה להגיע אל כוונה שווה - פירוד אלהות מן העולם.