מעגל קרבס – הבדלי גרסאות
תוכן שנמחק תוכן שנוסף
אין תקציר עריכה |
|||
שורה 73:
בשלב האחרון יש שימוש בתגובת הידרציה, כך שקבוצת ההידרוקסיל והמימן יקשרו מחדש למולקולה אך הפעם ב[[סטריאוכימיה]] הפוכה; במולקולת הציטראט הייתה קבוצת ההידרוקסיל קשורה לפחמן מס' 3 והמימן לפחמן מס' 2, ובמולקולת האיזוציטראט - ההידרוקסיל קשור לפחמן מס' 2 ואילו המימן לפחמן מס' 3. על מנת שפעולה זו תתרחש, השיירים הקטליטיים משנים את פעילותם: His<sup>101</sup> משמש עתה כ[[בסיס (כימיה)|בסיס]] ומקבל פרוטון ממולקולת מים, כך שנותר הידרוקסיל המשמש כנוקליאופיל ותוקף את פחמן מס' 2. שייר ה-Ser<sup>642</sup> עובר דה-פרוטונוציה על ידי הקשר הכפול של ציס-אקונטיאט כדי להשלים את ההידרציה, כך שיצצור איזוציטראט.
===שלב III-IV - אלפא-קטוגלטראט===
[[קובץ:IDHcatalyticmechanism.jpg|250px|שמאל|ממוזער|240px|תרשים המתאר את הריאקציה של של III-IV - איזוציטראט דהידרוגנאז מקטלז יצירה של אלפא-קטוגלטראט.]]
האנזים איזוציטראט דהידרוגנאז מורכב מ-3 תתי יחידות ודורש לפעילותו יון מגנזיום דו ערכי (Mg<sup>2+</sup>) או יון מנגן דו ערכי (Mn<sup>2+</sup>) באתר הפעיל. בבני אדם, האנזים קיים ב-3 איזופורמים: IDH3 מקטלז את ריאקציית השלב השלישי במעגל קרבס תוך כדי [[חיזור]] <sup>+</sup>NAD ל-NADH, ואילו IDH1 ו-IDH2 מקטלזים את אותה התגובה אך לא בקונטקסט של מעגל קרבס, ופועלים במיטוכונדריה, ב[[פראוקסיזום]] ובציטוזול.
שורה 86:
# [[תגובת שחלוף|שחלוף]] של צורת האנול ליצירת אלפא קטוגלוטראט: שייר ליזין מתקיף את אטום החמצן הקשור לפחמן אלפא וגורם לדה-פרוטונציה שלו, כך שזוג האלקטרונים הבלתי קושרים שלו יוצר שוב קשר כפול, ושובר את הקשר הכפול שבין פחמנים אלפא לבטא. זוג האלקטרונים הבלתי קושרים שהרכיב את הקשר הזה תוקף שייר ליזין, וגורם לקשירת אטום מימן לפחמן בטא.
===שלב
[[קובץ:Oxoglutarate dehydrogenase (α-Ketoglutarate dehydrogenase).png|300px|שמאל|ממוזער|240px|תרשים המתאר את הריאקציה של שלב
בשלב הרביעי מתרחשת דה-קרבוקסילציה חמצונית נוספת, הפעם של תוצר השלב הקודם - אלפא קטוגלוטראט, ויצירת [[סוקציניל קואנזים A]] ו[[פחמן דו חמצני]]. הריאקציה מקוטלזת על ידי האנזים [[אלפא קטוגלוטראט דהידרוגנאז]], כאשר <sup>+</sup>NAD משמש כנשא אלקטרונים (מקבל) [[קואנזים A]] כנשא של קבוצת ה[[סוקציניל]]. אלפא קטוגלוטראט דהידרוגנאז הוא למעשה קומפלקס מולטי-אנזימטי שמורכב מאלפא קטוגלוטראט דהידרוגנאז (E<sub>1</sub>), דיהידרוליפואיל טרנס-סוקצינילאז (E<sub>2</sub>) ודיהידרוליפואיל דהידרוגנאז (E<sub>3</sub>).{{הערה|שם=Takusagawa עמ' 12}}
|