מדרשת בן-גוריון – הבדלי גרסאות

בשנת [[1965]] הוקם במדרשה בית ספר תיכון שנקרא "תיכון הר הנגב", אשר לימים נהפך ל"בית הספר התיכון לחינוך סביבתי". בבית הספר, נכון ל-2018, כמאתייםכמאה תלמידים בכל שכבה, מכיתה ט' עד יב. בבית הספר לומדים תלמידים מכל רחבי הארץ מדרום עד צפון אשר מתגוררים בפנימיה שבמקום (פנימיסטים), בנוסף לילדיהם של עובדי ותושבי המדרשה אשר מתגוררים בבתיהם (מדרשניקים). בבית הספר מושם דגש על חינוך לשמירת טבע ועל הסביבה, על ידי חמש יחידות לימוד חובה במדעי הסביבה וטיולים אישיים אשר תלמידי התיכון יכולים לצאת אליהם ללא השגחת מבוגר. בעגת המקום טיולים אלה נקראים "שילוחים". התיכון הביא לכך שיותר ממאה בוגריו לאחר סיום לימודיהם עברו לנגב על מנת לפתחו.