יהונתן אייבשיץ – הבדלי גרסאות

לרבי יהונתן היו קשרי ידידות טובים עם אישים באקדמיה ובכמורה המקומית בפראג. מעבר להקנטות הדדיות שנשתמרו בסיפורי האגדות העממיים היהודיים אודותיו, השתמרו בספריו בירורים שערך בקרב אנשי האקדמיה בשאלות מציאותיות שבירורן היה נחוץ לו לפסיקת הלכה.{{הערה|ראו למשל [[שאלות ותשובות|תשובתו]] בסוף ספרו "בני אהובה": {{ציטוטון|...ואחר כך הצעתי הדברים באקאדעמי בפראג גם כן, ואמרו כן דברת, שדבר זה אי אפשר...}}.}} בהשפעתו גם הותר [[דפוס|להדפיס]] שוב את ה[[תלמוד]] בפראג, לאחר שנים שבהן נאסר הדבר על ידי ה[[וותיקן]]. מהדורת התלמוד של פראג, נדפסה בשנת ה'תפ"ז, ובהתאם לדרישת הכמורה נערכו בה שינויים והשמטות בעיקר במקומות שעוררו עלבון כלפי הנצרות. מערכת שמינה רבי יהונתן עסקה בבדיקת נוסח התלמוד וההשמטות אושרו על ידי בית הדין של הקהילה היהודי בפראג שבראשו עמד רבי דוד אופנהיים. עיקר ההשמטות הםהן במאמרי אגדה, שהיה קשה לבארם על פי הפשט, כגון "[[הקב"ה]] מניח [[תפילין]]". בפועל נדפסו רק "הלכות ברכות", בית הדין סירב להדפיס תחת השם 'תלמוד' נוסח מצונזר של הטקסט, אך ההדפסה נפסקה לאחר מכן מאחר שבית הדין משך את ידו מהפרויקט בשל השמטות רבות מדי שדרשו ההגמונים ליתר המסכתות, והחשש שעלה שהנוסח יתקלקל לגמרי עם החלתן. בהמשך בוטלו הגבלות הצנזורה החמורות בהתערבות יהודים אמידים מקהילת [[פרנקפורט]] ובין השנים [[ה'תצ"ג]]-[[ה'תצ"ט]] נדפסו "הלכות" ממסכתות נוספות של התלמוד.{{הערה|להרחבה על קורות דפוס פראג של התלמוד הבבלי, ראו: [[רפאל נתן נטע רבינוביץ]], "הדפסת התלמוד", מוסד הרב קוק, ירושלים תשי"ב עמ' קיג-קטו.}} הודות לקשריו עם ראשי ה[[כמורה]], עלה בידו לא פעם להציל את יהודים מרעה, ולבטל מהם גזירות ופורענויות.