==צבא ארצות הברית==
ג'ונסטון חזר לצבא טקסס ב[[מלחמת ארצות הברית מקסיקו|מלחמת ארצות הברית- מקסיקו]] ושירת כקולונל, מפקד החטיבה הראשונה של המתנדבים מטקסס, תחת פיקודו של [[זכאריזאכרי טיילור]]. רוב המתנדבים ערקו לפני אחד הקרבות הראשונים, [[קרב מונטרי]], אך ג'ונסטון הצליח לשכנע כמה מהם להילחם יחד עמו, והוביל את החטיבה לקרבות במונטריי ול[[קרב בואנה ויסטה]]. לאחר המלחמה חזר למטעיו, עד שזכארישזאכרי טיילור, שנבחר ל[[נשיא ארצות הברית|נשיאות]], החזיר אותו לצבא ארצות הברית כ[[סרן]], ומינה אותו, בדצמבר [[1849]], לשלם בצבא ארצות הברית. ג'ונסטון שירת בתפקיד זה 5 שנים, בעיקר במערב טקסס ובסְפָר האינדיאני, ונסע בכל שנה אלפי קילומטרים בעת מילוי תפקידו. ב-[[1855]] מינה אותו הנשיא [[פרנקלין פירס]] למפקד [[רגימנט]] פרשים חדש שהוקם, רגימנט הפרשים השני, בדרגת קולונל. בשנת [[1857]] השתתף ג'ונסטון ב[[מורמונים#הקמת מדינת יוטה|מלחמת יוטה]], בה ניסה הממשל הפדרלי למנוע הקמת מדינה עצמאית במערב ארצות הברית על ידי ה[[מורמונים]]. ג'ונסטון היה אחת מדמויות המפתח במערכה, והוא זכה למינוי שדה (כלומר, העלאה בדרגה שלא כללה העלאה בשכר, וכן ללא כל הסמכויות של הדרגה) כבריגדיר גנרל. ב-[[1860]] חזר לקנטקי, אך לקראת סוף השנה יצא ל[[קליפורניה]] כדי להתמנות כמפקד האגף הפסיפי של צבא ארצות הברית.
==[[מלחמת האזרחים של ארצות הברית|מלחמת האזרחים]]==
|