יצחק בן אבא מרי – הבדלי גרסאות

מבנה הספר סבוך ומורכב, וההתמצאות בו איננה קלה. הספר אינו מסודר באופן שיטתי על פי תוכן הנושאים, אלא המחבר נצמד לסימנים מסוימים בסידור הספר, על פי ראשי תיבות של שמות הפרקים או על פי סדר א-ב, באופן שאיננו עקבי לגמרי. לפיכך נדרשת היכרות טובה עם הספר על מנת לאתר נושא מבוקש כלשהו. על קושי זה מעידים דברי המהדיררבי מאיר יונה, מהדיר הספר במהדורתו האחרונה, בסוף המפתח המפורט שהקדים לספר (עמ' 9): "המפתחות הללו כתבתי באורך קצת... יען מדרך רבינו הגדול לגולל על שפתיו דבר אשר לא יעלה על לב אדם לחפשו שם, לכן ביקשו ממני לחרוט בחרט אנוש כל דין, איה מקום מוצאו ברבינו, למען יהי נקל על המחפש דבר למצוא".