רפאל ואגו – הבדלי גרסאות

במספר מחקריו, בעיקר במסגרת המכון לחקר האנטישמיות באוניברסיטת תל אביב, הוא הצביע על תהליכי החזרה להיסטוריה במדינות הפוסט-קומוניסטיות, מתוך כוונה לעמוד על דפוסי התחייה הלאומנית והאנטישמיות באזור. הוא הצביע על הניסיון לטהר את שמות המנהיגים והאידאלוגיות הקיצוניות שבין שתי מלחמות העולם ובתקופת המלחמה והשימוש הפוליטי בזיכרון ההיסטורי הסלקטיבי במרחב המזרח אירופאי-אירופי.

רפאל ואגו ניסה במחקריו לבדוק כיצד כניסה ל[[האיחוד האירופי{{ה|איחוד האירופי]]}} השפיע על הזהות הלאומית במדינות האלה, ועל הסכסוכים האתניים באזור. במספר כנסים הוא הביע את ההשערה כי בעוד ההצטרפות לאירופה תפחית על פני השטח את הוויכוחים הלאומיים ואת הסכסוכים הטריטוריאליים, הרי שתהליך זה לא יעלים את שאלת הזהות הלאומית הנפרדת, שחלקים גדולים בציבור במזרח אירופה דוגלים בה.