SILAC
סימון איזוטופים יציבים של חומצות אמינו בתרביות תאים (Stable isotope labeling by amino acids in cell culture או SILAC) היא שיטה המבוססת על ספקטרומטר מסה המזהה הבדלים בכמות החלבונים בדוגמאות שונות באמצעות סימון עם איזוטופים שאינם רדיואקטיביים. שיטה זו פופולרית ביותר בתחום הפרוטאומיקה הכמותית.
בשיטה זו מגדלים שתי אוכלוסיות של תאים בתרבית תאים. אחת האוכלוסיות מגודלת על מצע מזון המכיל חומצות אמינו רגילות, בעוד שהאוכלוסייה השנייה מגודלת במצע מזון המכיל חומצות אמינו המסומנות באמצעות איזוטופים כבדים. דוגמה לכך עשויה להיות שימוש במצע מזון המכיל ארגינין המסומן עם 6 אטומי פחמן-13, במקום פחמן-12. כאשר התאים גדלים במצע זה הם עושים שימוש בארגינין כבד בחלבונים שאותם הם מייצרים, ובהשוואה לחלבונים רגילים חלבונים אלו כבדים ב-6 Da על כל ארגינין המצוי בהם. בהמשך ניתן לנתח את החלבונים משתי אוכלוסיות התאים יחד באמצעות ספקטרומטר מסה. זוגות של פפטידים זהים כימית המורכבים מאיזוטופים שונים הם בעלי תכונות כימיות זהות, אך ניתן לזהותם באמצעות ספקטרומטר מסה. היחס בין השיאים של הקריאות של ספקטרומטר המסה ביחס לזוגות חלבונים כאלו מעיד על כמות החלבונים באוכלוסייה הנבדקת.
בשיטה זו נעשה בין היתר שימוש כדי ללמוד על האיתות התאי, (אנ') שינויים אחרי תרגום שמתרחשים בחלבונים[1] כגון,[2] קשרי חלבון-חלבון, תהליכים סקרטוריים של הפרשת חלבונים,[3] אינטראקציה בין חיידק-מאכסן[4] ובקרה של ביטוי גנים.
לקריאה נוספת
עריכה- Ong SE, Mann M (2007). "Stable isotope labeling by amino acids in cell culture for quantitative proteomics". Methods in Molecular Biology. 359: 37–52. doi:10.1007/978-1-59745-255-7_3. PMID 17484109.
הערות שוליים
עריכה- ^ Ramars Amanchy, Dario Eluan Kalume, Akhilesh Pandey, Stable Isotope Labeling with Amino Acids in Cell Culture (SILAC) for Studying Dynamics of Protein Abundance and Posttranslational Modifications, Science's STKE 2005, 2005-01-18 doi: 10.1126/stke.2672005pl2
- ^ Nieves Ibarrola, Henrik Molina, Akiko Iwahori, Akhilesh Pandey, A Novel Proteomic Approach for Specific Identification of Tyrosine Kinase Substrates Using [13CTyrosine], Journal of Biological Chemistry 279, 2004-04, עמ' 15805–15813 doi: 10.1074/jbc.M311714200
- ^ Martin Polacek, Jack‐Ansgar Bruun, Oddmund Johansen, Inigo Martinez, Differences in the secretome of cartilage explants and cultured chondrocytes unveiled by SILAC technology, Journal of Orthopaedic Research 28, 2010-08, עמ' 1040–1049 doi: 10.1002/jor.21067
- ^ Yang Sylvia Liu, Chengqian Zhang, Bee Luan Khoo, Piliang Hao, Song Lin Chua, Dual-species proteomics and targeted intervention of animal-pathogen interactions, Journal of Advanced Research, 2024-09 doi: 10.1016/j.jare.2024.08.038