אלקטרופורזה אלכסונית
אלקטרופורזה אלכסונית (באנגלית :diagonal electrophoresis ) היא סוג של אלקטרופורזה המאפשרת בידוד וריצוף פפטידים המכילים קשרים דיסולפידיים. אלקטרופורזה מוגדרת כתנועה של חלקיקים המפוזרים באופן יחסי בנוזל, תחת השפעה של שדה חשמלי. החלקיקים ינועו במהירויות שונות, בהתאם למטענם וליכולת הדיפוזיה שלהם בנוזל. באלקטרופורזה אלכסונית נחתכים הפפטידים ללא פירוק קשרים דיסולפידיים ומורצים בציר אחד, ולאחרי כן נחתכים גם הקשרים הדיסולפידיים והפפטידים מורצים בציר השני, ובצורה זו ניתן לזהות פפטידים שקשורים בקשר דיסולפידי.
מבוא עריכה
כדי להבין מבנה תלת־ממדי של חלבון מסוים יש קודם לדעת את הרצף של חומצות האמינו המרכיבות אותו, או את המבנה הראשוני. הרצף הראשוני קובע את המבנה השלישוני של החלבון ועל מנת להשלים את הבנת מבנה החלבון, יש לקבוע את מיקומם של הקשרים הדיסולפידיים המקוריים על החלבון במבנהו התלת־ממדי. קשרים אלה מייצבים ותורמים למבנה חשוב זה. ניתן להשיג מידע על הקשרים הדיסולפידיים באמצעות אלקטרופורזה אלכסונית, שיטה באמצעותה ניתן לבודד ולרצף פפטידים המכילים קשרים כאלה.
שיטת העבודה עריכה
ראשית חותכים את החלבון בתנאים אשר בהם לא מתפרקים הקשרים הדיסולפידיים. תערובת הפפטידים מוספת לקצה אחד של דף נייר ונותנים להם לנוע בצורה אופקית בתוך הנוזל. בסיום התהליך הדף נחשף לאדים של חומצה פרפורמית אשר מפרקת קשרים דיסולפידיים והופכת אותם על ידי חמצונם לשיירים של חומצה ציסטאית. פפטידים אשר היו קשורים בקשרים דיסולפידיים במקור, עכשיו חופשיים ויותר חומציים בגלל היווצרות הקבוצה החומצית שעליהם.
תערובת זו עוברת אלקטרופורזה שוב ובאותם התנאים, אך הפעם בצורה אנכית. הקצב ויכולת התנועה של הפפטידים אשר לא היו קשורים בקישרי דיסולפיד לא ישתנו. לכן הם יהיו מסודרים בקו ישר אלכסוני בתום התהליך. בניגוד אליהם הפפטידים אשר נוצרו אחרי פירוק הקשרים הדיסולפידיים, אלה המכילים חומצה ציסטאית, ינועו בדרך כלל באופן שונה מאשר היו נעים אילו היו מחוברים לפפטיד נוסף בקשר דיסולפידי. כתוצאה מכך הם לא יהיו על האלכסון. את הפפטידים אשר חרגו מהאלכסון ניתן לבודד, לרצף ולמצוא את המיקום של קשרי הדיסולפיד בהם.
