זוג בסיסים – הבדלי גרסאות

<div style="border: none; width:282px;"><div class="thumbcaption">למעלה, זוג בסיסי GC עם שלושה קשרי מימן בינהםביניהם. למטה, זוג בסיסי AT עם שני קשרי מימן בינהםביניהם. קשרי מימן שאינם קוולנטיים בין הזוגות מוצגים כקווים מקווקווים.</div></div></div>

[[קשר מימן]] הוא קשר כימי המאפשר את זיווג הבסיסים. עקב התכונות הגאומטריות של הבסיסים, רק סוג אחד של קשר יציב יווצר - קשר בין פורין לפירימדין. אדנין וגואנין הם תרכובות המוגדרות כ[[פורין (תרכובת אורגנית)|פורינים]] ומכילות שתי טבעות ארומטיות, ואילו תימין וציטוזין מוגדרות כתרכובות של [[פירימידין|פירימידינים]] המכילות טבעת ארומטית אחת. קשר בין שני פורינים לא מועדף בגלל שאינו יעיל, עקב המרחק הפיזי המקשה על קשרי המימן להיווצר, ואילו קשר בין שני פירמדינים לא מועדף בגלל שהקרבה בינהםביניהם דורשת אנרגייהאנרגיה גבוהה. יוצא מכך שהזוגות המועדפים הם GC, AT ו-AU (ב-RNA). קישור בין A ל-G, G ל-T ו-U ל-G (ב-RNA) נקרא התמרה (mismatch mutation), מכיוון שתבנית קשרי המימן אינו מתאים.

מולקולות DNA הנמצאות בזיווג בסיסים יציבות בטמפרטורת החדר. מעל טמפרטורה מסוימת הגדילים ייפרדו זה מזה, וקשרי המימן יתפרקו. טמפרטורה זו תלויה בנוקליאוטידים המרכיבים את הרצף ובאורכו. ככל שישנם יותר קשרי GC, מולקולת ה-DNA תהיה יציבה יותר, מכיוון שישנם שלושה קשרי מימן מעורבים, לעומת שניים בזיווג AT, ולפיכך תידרש טמפרטורה גבוהה יותר בכדיכדי להפריד בין הגדילים. יצורים אשר חיים בטמפרטורות גבוהות יש להם גנום המעושר ב-GC. לעומת זאת, איזוריםאזורים שהתא צריך להפריד באופן תכוף, כמו גנים המשועתקים ברמה גבוהה, הם עניים בקשר GC. תכונה זאת חשוב בעת יצירת [[קדם|פריימרים]] לריאקציית [[PCR]].