יצחק אייזיק הלוי – הבדלי גרסאות

חלק חשוב ממאבקו בהשכלה הייתה הוצאת הספרים "דורות הראשונים". ספריו אלו היוו תשובה תורנית מדעית לכמה מספריהם של המשכילים, מאסכולת [[חכמת ישראל]]. בין השאר הוא התפלמס עם מחקריהם של ההיסטוריונים הבאים: הרב [[יהדות קונסרבטיבית|הפוזיטיבי-היסטורי]] רבי [[זכריה פרנקל]] וספריו "[[דרכי המשנה]]" ו"[[מבוא הירושלמי]]", [[נחמן קרוכמל]] (רנ"ק) וספרו "[[מורה נבוכי הזמן]]", [[צבי גרץ|היינריך (צבי) גרץ]] וספרו "[[דברי ימי ישראל]]" ו[[אייזיק הירש וייס]] וספרו "[[דור דור ודורשיו]]". אף עם הרב [[שלמה יהודה רפפורט]] (שי"ר) הרבה הרב הלוי להתעמת. הרב הלוי הצביע על טעויות, לדעתו, בשיטת החקירה של המשכילים, ועל עובדת הסתמכותם על ספרי קודמיהם, כגון "[[סדר הדורות]]", ללא בדיקה וחקירה יסודיים. הלוי אף האשים חלק מהחוקרים הללו בהטיה ובמגמתיות, מתוך רצון להשחיר את פניהם של חכמי ישראל התנאים והאמוראים{{הערה|1=[http://www.hebrewbooks.org/pdfpager.aspx?req=3086&pgnum=247 הרב ד"ר יחיאל יעקב וויינברג, לחקר המשנה, בתוך ד״ר שמעון ברנשטיין וד״ר גרשון א. חורגין, '''ספר יובל לכבוד הרב שמואל קלמן מירסקי''', ניו יורק תשי"ח, עמוד 233]}}. הוא עצמו לא הסתיר את מגמתו ההפוכה, להאיר את דמותם באור חיובי, דבר שגרר ביקורת מקצועית כלפיו, מפי אנשי אקדמיה ומחקר. גם שיטת מחקרו הייחודית עוררה לפעמים הסתייגויות, בעיקר במקומות שלא ביסס את הנחותיו באופן מוחלט.