ספר מצוות קטן – הבדלי גרסאות

הפופולריות של הספר ותפוצתו הביאו לכך שהספר נהיה ספר הפסיקה הבסיסי במקומות רבים, וזה גרם לכך שבכל מקום היו מוסיפים בגיליון הספר דינים שלא הובאו בגוף הספר. וכך כותב החיד"א (שם הגדולים, מערת ספרים אות ע): "ושלח הספר לכל בני הגולה שיעתיקוהו... ודין גרמא (=וזה גרם) שבאשכנז יש הרבה סמ"ק על קלף, ובכל סמ"ק יש הגהות מתחלפות לא ראי זה כראי זה, דבכל עיר גדולי הדורות כתבו הגהות כפי דעתם. וראיתי כמה סמ"ק כל אחד בהגהות שונות". המפורסמים ביותר הם הגהות [[רבנו פרץ]]. עם השנים עורבבו דברי ההגהות עם דבריו של רבי יצחק עצמו. מהדורה של הסמ"ק ב-[[1935]] (התרצ"ה) שהוצאה לאור על ידי דוד הרפעניס ניסתה לפתור בעיה זאת והבדילה בין הגהותיו של [[רבנו פרץ]] לבין דבריו של ספר סמ"ק עצמם. הגהות נוספות שנדפסו הם הגהות [[רבי משה מצוריך]]. הגהות אלו הם ארוכות מאד, וכוללות בעיקר פסקי בעלי התוספות, והכרעה במחלוקותיהם.