יחזקאל לנדא – הבדלי גרסאות

עוד לפני שבא לפראג התפרסם כפוסק בעל שיעור קומה והחל לכתוב תשובות בהלכה. בזמן המחלוקת הגדולה בין רבי [[יעקב עמדין]] ורבי [[יהונתן אייבשיץ]], שבה האשים הראשון את האחרון ב[[שבתאות]] בגלל ה[[קמע]]ות שכתב, ניסה להגן על הרב אייבשיץ. הוא טען שהקמעות מזויפים וקרא לשני הצדדים להשקיט את המחלוקת על ידי משיכת הקמיעות והחזרתן, הכחשה פומבית של הרב אייבשיץ לכתבים שבתאיים שפורסמו לכאורה בשמו, והכרזה על התנגדותו לשבתאות ודעותיה. מאוחר יותר פעל הרב יחזקאל לנדא בתקיפות נגד הרב אייבשיץ ונראה שאכן השתכנע בשבתאותו על אף שחששו ל"כבוד התורה" מנע ממנו לצאת נגדו בבוטות. הוא הותקף בידי הרב עמדין על פשרנותו{{הערה|[http://www.leimanlibrary.com/texts_of_publications/48.%20When%20a%20Rabbi%20is%20Accused%20of%20Heresy%20-%20R.%20Ezekiel%20Landau.pdf כשרב מואשם בכפירה] - על יחסו של הנודע ביהודה לרב יהונתן אייבשיץ. מחקר זה של סיד להמן מסיק שהרב לנדא פעל להשגת פשרה אף על פי שידע והכיר בשבתאותו של הרב אייבשיץ בלא ספקות, משום 'כבוד התורה' ומניעת [[חילול השם]]. [[רבי יעקב עמדן]] כתב אליו מכתב תקיף בעניין שבתאות בנו של רבי יהונתן, וולף ותלמידים שם. רבי יחזקאל לנדא מנע את מעברו של הרב אייבשיץ לפראג, והתכתב עם שגרירות דנמרק נגדו, על היותו שבתאי, ובהספד על רבי יהונתן, התנצל על כך שנאלץ להספיד משום 'כבוד התורה'. מחקר זה נסמך על מסמכים שנמצאו ופורסמו לגבי בקשת הרשאת המעבר לפראג של הרב אייבשיץ משגרירות דנמרק, ושמקוריותם אומתה, וממכתבים שפרסם הרב עמדין שאין עליהם עוררין. מסורות של תלמידיו שנרשמו בעניין סיפרו שאמר שמי שחשוד בשבתאות אכן יש בו, ושאת ההספד אילצה אותו אשתו לומר. בספרו על הפולמוס כתב רבי יעקב עמדן שחשד ברב לנדא שהסיבה לפשרנותו הייתה הרצון להשיג את רבנות פראג, שלקהילה השבתאית החזקה בה (בעיר התגוררה בגלוי נביאה שבתאית, רייזל איגר, עם קהל תומכים רחב) הייתה השפעה גדולה. המשרה נמנעה במפתיע מקרוב משפחתו של הרב עמדין, הרב אריה ליב לוין, לאחר שכבר נבחר; הדבר אירע כשהתבטא בחריפות נגד הרב אייבשיץ. עמדין נקם בלנדא כשנתבקש לבחור את מחליפו של אייבשיץ ב[[אה"ו]] ומנע ממנו את התפקיד, אולם הרב יקותיאל קמלהאר בספרו "מופת הדור" מפקפק בכל הסיפור הנ"ל וטוען שחלק מהמסמכים והסיפורים המלווים אותם מזוייפים ולא הגיוניים ביחוד לדמותו של הנודע ביהודה.}}.