אמנות הפוגה – הבדלי גרסאות

אחד המאפיינים הבולטים של היצירה היא שלא מצוין הכלי או ההרכב שבו יש לנגן אותה. כל הפוגות (הנקראות Contrapunctus) כתובות בארבע [[חמשה|חמשות]] וכל הקנונים בשתיים, בדומה למוזיקה לכלי מקלדת. תאוריות רבות קיימות באשר לכלי שבו יש לבצע את היצירה; הצ'מבליסט [[גוסטב לאונהרט]] כתב תזה שבה הוא מנסה להוכיח כי 'אמנות הפוגה' כתובה ל[[צ'מבלו]], אם כי כמה מן הפרקים אינם מתאימים לכלי. גם ה[[מוזיקולוגיה|מוזיקולוג]] [[כריסטוף וולף]], שהוא הסמכות החשובה ביותר כיום בנושא המוזיקה של באך, תומך בתאוריה זו. תאוריה פופולרית אחרת טוענת כי המוזיקה היא תיאורטיתתאורטית, ונועדה יותר לקריאה מאשר לביצוע - ולפיכך ניתן לבצע אותה בכל הרכב המתאים ל[[מנעד]] התפקידים. בימינו מבוצעת היצירה לרוב בכלי מקלדת ([[פסנתר]], צ'מבלו או [[עוגב]]), [[הרכב קאמרי]] (לרוב רביעייה) או [[תזמורת]].