אוניית מחפר (dredger) היא אונייה המצוידת במחפר ומשמשת להעמקת נתיבי שיט בנמלים, בשפכי נהרות ובתעלות, על ידי חפירה וסילוק חלק מהקרקעית באמצעים מכניים.