טיוטה:קונטיג
קונטיג הוא קטע ארוך של DNA המיוצר על ידי הרכבה של רצפים קצרים יותר באמצעות כלים ביואינפורמטיקאיים.
בשיטת ריצוף שוטגאן, "קונטיג" מתייחס לנתונים המתקבלים מקריאות חופפות. בשיטת ריצוף ההיררכי "ריצוף שוטגאן", קונטיג הוא השיבוטים החופפים היוצרים מפה פיזיקלית של הגנום המשמשת להנחיית הריצוף וההרכבה.[1]
הגדרתו המקורית עריכה
בשנת 1980 Rodger Staden[דרוש תעתוק], כתב שכדי להקל על הדיבור על הממצאים שעלו ב"ריצוף שוטגאן", הומצאה המילה "contig".[2]
קונטיג הוא רצף הנוצר מהרכבה מחדש של מקטעי הDNA הנוצרים על ידי שיטת ריצוף Shotgun sequencing, שיטת ריצוף זו כוללת חיתוך DNA למקטעים קטנים (reads) אשר מרוצפים ומורכבים על פי החפיפה ביניהם למקטעים רציפים ארוכים יותר, הנקראים קונטיגים ובסופו של דבר מורכבים לגנום השלם. מאחר שהטכנולוגיה הנוכחית מאפשרת ריצוף ישיר של מקטעי DNA קצרים יחסית בלבד (300–1000 נוקלאוטידים), יש לפצל את ה־DNA הגנומי לחתיכות קטנות לפני הריצוף. [3]
כיום, מקובל להשתמש בטכנולוגיית paired-end sequencing שבה מרצפים את שני הקצוות של מקטעי DNA ארוכים יותר באורך ידוע. גם בשיטת ריצוף זו קונטיג מתייחס לכל קטע רציף הנוצר על ידי חפיפת הרידים. [4]
הערות שוליים עריכה
- ^ James L. Weber, Eugene W. Myers, Human Whole-Genome Shotgun Sequencing, Genome Research 7, 1997-05-01, עמ' 401–409 doi: 10.1101/gr.7.5.401
- ^ R. Staden, A new computer method for the storage and manipulation of DNA gel reading data, Nucleic Acids Research 8, 1980-08-25, עמ' 3673–3694 doi: 10.1093/nar/8.16.3673
- ^ R. Staden, A strategy of DNA sequencing employing computer programs, Nucleic Acids Research 6, 1979-06-11, עמ' 2601–2610 doi: 10.1093/nar/6.7.2601
- ^ Melissa J. Fullwood, Chia-Lin Wei, Edison T. Liu, Yijun Ruan, Next-generation DNA sequencing of paired-end tags (PET) for transcriptome and genome analyses, Genome Research 19, 2009-04, עמ' 521–532 doi: 10.1101/gr.074906.107