ריצוף DNA

ריצוף DNA (בעברית הַרְצָפָה[1]) הוא תהליך של קביעת סדר הנוקלאוטידים בקטע DNA. פריצות דרך טכנולוגיות האיצו מחקרים ביולוגיים ורפואיים רבים.

חלק מג'ל עם מקטעי DNA מסומנים
דוגמה לשימוש ב־4 צבעים פלואורסצנטיים

הידע על התוכן של רצפי DNA נהיה חשוב למחקר בסיסי, וכן לתחומים רבים נוספים, כגון אבחון רפואי, ביוטכנולוגיה, סיסטמטיקה, וירולוגיה, זיהוי פלילי ועוד. ככל שהטכנולוגיה נהיית זולה ומהירה יותר, ניתן להרחיב את השימוש בגנומיקה אישית.

DNAעריכה

  ערך מורחב – DNA

DNA הוא החומר התורשתי של כלל היצורים החיים[2], אשר מורכב מארבעה נוקליאוטידים: ארגינין (A), תימין (T), גואנין (G) וציטוזין (C). ה-DNA היא מולקולה יציבה מאוד כאשר היא נמצאת בדו-גדיל, כלומר, סליל כפול. במבנה זה נוצרים זיווג בסיסים, שבו A ממוקם מול T, ו-G מול C. לפיכך, ידע אודות גדיל אחד מספיק בכדי להסיק את תוכנו של הגדיל המשלים. מכיוון שה-DNA משותף לכלל היצורים, עקרונות הריצוף זהים. לעיתים בסיסים אלו יכולים לעבור התמרות כימיות שונות, כגון מתילציה, וטכנולוגיות שונות פותחו בכדי לפענח גם אותם. מתוך רצף ה-DNA של יצור, חלקים מסוימים עוברים תהליך שעתוק, שבו נוצר RNA ממקטע מסוים מאחד הגדילים. מקטע RNA זה יכול לעבור תהליך של תרגום, שבו שלשות של נוקליאוטידים מומרים בחומצה אמינית. שרשרת חומצות האמינו יוצרת חלבון.

שיטות הריצוף מתרכזות במולקולת ה-DNA מסיבות טכניות. RNA משועתק מרצף ה-DNA, ובניגוד למבנה הגדיל הכפול האופייני בדרך כלל למולקולות DNA, לרוב RNA מצוי בטבע במבנה של גדיל בודד בלתי יציב. בכדי לאפשר ריצוף RNA, ניתן להוסיף שלב הכנה נוסף בו הוא מומר ל-cDNA, ומרוצף ככל רצף DNA אחר.

היסטוריהעריכה

גילוי תפקיד ומבנה ה-DNAעריכה

  ערך מורחב – גילוי מבנה ה-DNA

DNA התגלה לראשונה על-ידי פרידריך מישר בשנת 1869 אך נזנח מבחינה מחקרית מכיוון שהתפיסה המדעית המקובלת באותה תקופה שחלבונים משמשים כחומר התורשתי. בשנת 1944 התפרסם ניסוי איוורי-מקלאוד-מקארתי, המראה כי DNA מסוגל להעביר תכונות ביולוגיות בין חיידקים. בשנת 1953 ג'יימס ווטסון ופרנסיס קריק פירסמו את מודל הסליל כפול, המתבסס על פענוח קריסטלוגרפיה בקרני רנטגן של מבנה ה-DNA שנעשה על-ידי רוזלינד פרנקלין. לפי מודל זה, DNA מורכב מסליל כפול המחובר בקשרי מימן בין זוגות הנוקליאוטידים. מבנה זה מאפשר השלמת סליל אחד מתוך רצף הסליל הנגדי, מה שמאפשר את העברת המידע במלואו בתורשה.

התשתית לפענוח רצף חומצות האמינו של חלבון הונח על-ידי פרדריק סנגר, שהצליח לפענח בשנת 1955 את רצף חומצות האמינו המרכיבות אינסולין. גילוי זה הוכיח בצורה חד משמעית שחלבונים מורכבים מישויות כימיות בעלות תכונות מולקולריות מסוימות, ולא תמהיל אקראי של חומרים, ואתגר את הביולגיים למצוא את התבנית שקובעת איך מרצף ה-DNA נוצרים חלבונים. פרנסיס קריק השתתף בסוף שנת 1954 בסדרת הרצאות שהעביר פרדריק סנגר, שלאחריהן פיתח את הדוגמה המרכזית של הביולוגיה המולקולרית, אותה פירסם בשנת 1958. לפי דוגמה זו, DNA יוצר חלבונים באמצעות RNA.

שיטות ריצוף מוקדמותעריכה

השיטה הראשונה לפענות רצף DNA על ידי ריי וו באוניברסיטת קורנל בשנת 1970. שיטה זו התבססה על הארכת תחל וסימון נוקליאוטידים, עקרונות העומדים בבסיס שיטות ריצוף רבות. באמצעות שיטה זו הצליח לרצף חלק מהגנום של בקטריופאג' למדא, ובמשך שלוש השנים הבאות הראה וו יחד עם עמיתיו ששיטה זו ניתנת ליישום על כל רצף DNA שניתן לתכנן לו תחל ספציפי. סנגר שיכלל אסטרטגיה זו והצליח לקצר משמעותית את התהליך, ופרסם את שיטותו בשנת 1977 [3]. עם זאת, שיטת סנגר מוגבלת לאורך של מאות בסיסים. שיטה נוספת פותחה על-ידי וולטר גילברט ואלן מקסם באוניברסיטת הרווארד, המתבססת על דגרדציה כימית.

ריצוף גנומים שלמים ופיתוח מכונות ריצוףעריכה

הגנום הראשון שרוצף במלואו הוא של הבקטריופאג' ΦX174 בשנת 1977, באורך של 5,386 זוגות בסיסים. בשנת 1984 חוקרים פרסמו את רצף ה-DNA של נגיף אפשטיין-בר, באורך כולל של 172,282 זוגות בסיסים. זוהי נקודת ציון חשובה מכיוון שלחוקרים לא היה שום ידע מוקדם על תוכן רצף ה-DNA של הנגיף. בכדי לרצף מקטעים ארוכים, פותחה גישת Shotgun sequencing, לפיו המקטע הארוך מחולק באופן אקראי למקטעים קצרים, ולאחר מכן נעשה שימוש בחלקים חופפים בכדי להרכיב מחדש את המקטע הארוך. בראשית שנות ה-80 של המאה ה-20 הרברט פול ועמיתים פיתחו שיטה שאינה משתמשת בחומרים רדיואקטיביים כדי להעביר תגובות ריצוף למטריצה מקובעת במהלך אלקטרופורזה. התפתחות זו אפשרה לחברת GATC ביוטק לייצר את מכונת הריצוף הראשונה, אשר שימשה לפענוח רצף כרומוזום II של שמר האפייה. בשנת 1986 לירוי הוד מהמכון הטכנולוגי של קליפורניה הכריז על מכונות ריצוף חצי אוטומטית, ושנה לאחר מכן חברת Applied Biosystems השיקה מכונת ריצוף אוטומטית לחלוטין. בשנה זו חברת דופונט הפיצה מכונת ריצוף שבה נעשה שימוש בסמן פלאורוסנטי בכדי להבדיל בין ארבעת הנוקליאוטידים וכך ניתן להפריד בינהם ביתר קלות. באמצעות כלים אלו המכונים הלאומיים לבריאות החלו לרצף גנומים של יצורים שונים, ובהם Escherichia coli, Caenorhabditis elegans, מיקופלזמה, ושמר האפייה, בעלות של 0.75$ לנוקליאוטיד. במקביל, במעבדתו של קרייג ונטר ריצפו את ה-cDNA ההומני בכדי לגלות את חלקי הגנום שעוברים שיעתוק. בשנת 1995 ונטר, המילטון או. סמית' ועמיתים פירסמו את הגנום הראשון השלם של יצור - החיידק Haemophilus influenzae. הגנום המעגלי מכיל 1,830,137 זוגות בסיסים. שיטות אלו שימשו גם בסיס לפרויקט גנום האדם.

המעבר לשיטות ריצוף מהדור החדשעריכה

במהלך שנות ה-90 של המאה ה-20 פותחו שיטות נוספות לריצוף DNA, שהוטמעו במכונות ריצוף שונות. שיטות אלו נקראו שיטות ריצוף מהדור החדש (next-generation sequencing), הידוע בקיצור NGS, כדי לבדל אותן מהשיטות המוקדמות. בשיטות אלו ניתן לרצף גנום שלם בהרצה בודדת, לרוב באמצעות חלוקתו למקטעים קצרים אשר מרוצפים במקביל במכונת ריצוף. בתקופה זו התפתחה גם שיטה נוספת לזיהוי רמות ביטוי של גנים, הנקראת מערך DNA, ומתבססת על עיצוב שבב עם מקטעי DNA חד גדיליים, ומדידת עוצמת פלואורסצנציה הנוצרת מיצירת דו-גדיל בין ה-DNA בשבב ל-DNA אותו מוסיפים.

בשנת 1996 פותחה שיטת ריצוף המתבססת על זיהוי של שחרור פירופוספט בעת הוספת נוקליאוטיד על ידי מוסטפא רונגי ופל ניירן במכון המלכותי לטכנולוגיה בסטוקהולם, שנקראת Pyrosequencing[4]. בשנת 1997 פסקל מאייר ולורן פרנילי רשמו פטנט על טכנולוגיה להכנת DNA לריצוף בתפוקה גבוהה, כולל שלב של הגברת מקטעי DNA על גבי שבב. פטנט זה, יחד עם שיטה נוספת שפותחה על-ידי רוג'ר טסיין משמשת כבסיס לשיטות ריצוף בתפוקה גבוהה של חברת אילומינה. הזמינות של שיטות לריצוף בתפוקה גבוהה מאיצה את עידן הרפואה מותאמת אישית. עם זאת, יש להתאים כלים חישוביים בכדי להתמודד עם כמויות המידע המתקבלות משיטות אלו.

שיטות בסיסיות לריצוףעריכה

שיטת מקסם-גילברטעריכה

שיטה זו דורשת סימון רדיואקטיבי בקצה 5' של ה-DNA. ארבעה טיפולים כימיים שונים במולקולה גורמים ליצירת שברים מסוימים ב-DNA (G, A+G, C, C+T), אשר מטופלים בריכוז כזה שיגרום שבר אחר פר מולקולת DNA. כך נוצרת ספרייה של מקטעי DNA באורכים משתנים, החל מהקצה המסומן. על-ידי הפרדת המקטעים באמצעות הרצה בג'ל אלקטרופורזה, ניתן להסיק את זהות הבסיס בכל עמדה. מורכבות השיטה והשימוש בחומרים רדיואקטיביים, יחד עם התפתחות שיטות ריצוף אחרות צמצמה את השימוש בשיטת ריצוף זו.

שיטת סנגרעריכה

 
מחיר ריצוף גנום אנושי בסקאלה לוגריתמית. שימו לב לירידה הדרסטית במחיר המתחילה בינואר 2008, המהירה יותר מחוק מור. שינוי זה התאפשר לאור פיתוח שיטות ריצוף מהדור החדש

שיטת ריצוף ה-DNA הנפוצה ביותר היא השיטה שפותחה על ידי פרדריק סנגר בשנת 1975[5] ושוכללה ב-1977.[6] על פיתוח השיטה והשימוש בה, זכה סנגר בפרס נובל שני בכימיה בשנת 1980. בשיטה זו משתמשים בפריימרים (תחלים) המתאימים לרצף DNA הצמוד לקטע אותו רוצים לרצף, ובאנזים DNA פולימראז, המשמש להארכת התחל ליצירת רצף משלים לקטע ה-DNA. בנוסף, יש לספק לתגובה האנזימטית גם dNTPs מארבעת הסוגים (אדנין (A), גואנין (G), תימין (T) וציטוזין (C)). מבצעים ארבע תגובות מקבילות שלכל אחת מהן מספקים גם ddNTP אחד (C, T, A או G) בו יש מימן (במקום הידרוקסיל) גם בעמדה '3 בנוסף לעמדה '2. שילוב של ddNTP ברצף ה-DNA המסונתז במבחנה יביא לעצירת הפולימריזציה. כך, מתקבלים מגוון רצפים שנקטעו באורכים שונים. הרצת תוצרי התגובות האנזימטיות בג'ל אגרוז בעל יכולת הפרדה של נוקלאוטיד אחד מספקת את הרצף. בכל מבחנה יהיו תוצרים שאורכם הוא המרחק מהתחל ועד הבסיס/הנוקלאוטיד המסוים שהוסף לאותה תגובה בתור ddNTP. בשיטה זו יש שימוש פחות יותר בחומרים מסוכנים וברדיואקטיביות, ונחשב לפשוט יותר מאשר שיטת מקסם-גילברט. לכן מכונות הריצוף הראשונות שפותחו התבססו על שיטה זו. במהלך השנים פותחו שיכלולים רבים לשיטת הריצוף לפי סנגר, כגון שימוש בסימון פלאורוסנטי, אלקטרופורזה קפילרית, ואטומציה של שלבים רבים. שיפורים אלו הורידו את מחיר ומשך הריצוף, מ-100,000,000$ לריצוף גנום האדם בשנת 2001 ועד 1000$~ בשנת 2020.

 
רצף DNA כפי שהוא מוצג על ידי תוכנת מחשב המפרשת את התוצאות של מכשיר אוטומטי לריצוף DNA בשיטת סנגר

שיטות מהדור החדש לריצוף בתפוקה גבוההעריכה

בשונה משיטת סנגר, השיטות מהדור החדש (next-generation sequencing) אינן נסמכות על זיהוי הרצף על ידי עצירת הפולימריזציה בכל עמדה ברצף בעזרת נוקלאוטידים מסוג ddNTP ובהרצה בג'ל. במרבית השיטות החדשות מתבצע זיהוי הרצף על בסיס העיקרון "ריצוף על ידי סינתזה" (sequencing by synthesis), כלומר זיהוי הרצף של מולקולת DNA חד-גדילית מסוימת מבוצע במהלך הפולימריזציה של הגדיל המשלים ונסמכת עליה.

עם שיטות אלו נמנות השיטות הבאות (פירוט מתחת לטבלת ההשוואה):

השוואת שיטות ריצוף מהדור החדש[7][8]
שיטה Single-molecule real-time sequencing (Pacific Bio)‎ Ion semiconductor (Ion Torrent sequencing) Pyrosequencing ‏(454) ריצוף באמצעות סינתזה (אילומינה) ריצוף באמצעות ליגציה (ריצוף SOLiD) ריצוף סנגר
אורך קריאות 5,500 בסיסים עד 8,500 בסיסים בממוצע (10,000 בסיסים N50); אורך קריאה מרבי >30,000 בסיסים[9][10] עד 400 בסיסים 700 בסיסים 50 עד 300 בסיסים 50+35 או 50+50 בסיסים 400 עד 900 בסיסים
דיוק 99.999% דיוק קונצנזוס; 87% דיוק של קריאה בודדת[11] 98% 99.9% 98% 99.9% 99.9%
קריאות בהרצה 50,000 לכל תא SMRT, או ~400 מיליון בסיסים[12][13] עד 80 מיליון 1 מיליון עד 3 מיליארד 1.2 עד .4 מיליארד N/A
זמן הרצה 30 דקות עד שעתיים שעתיים 24 שעות 1 עד 10 ימים, כתלות במרצף ובאורך הקריאות[14] שבוע עד שבועיים 20 דקות עד 3 שעות
מחיר למיליון בסיסים (בדולרים) $0.33-$1.00 $1 $10 $0.05 עד $0.15 $0.13 $2400
יתרונות אורך קריאה ארוך. מהיר. זיהוי מתילציות 4mC, 5mC, 6mA.‏[15] ציוד זול. מהיר. אורך קריאה ארוך. מהיר. פונטנציאל לתפוקה רבה, תלוי בדגם המרצף והיישום המבוקש. מחיר זול לכל בסיס. קריאות בודדות ארוכות. שימושי ליישומים שונים.
חסרונות תפוקה בינונית. הציוד עשוי להיות יקר. שגיאות הומופולימרים. ההרצות יקרות. שגיאות הומופולימרים. הציוד עשוי להיות יקר. נדרש ריכוז גבוה של DNA. איטי מיתר השיטות. בעיות בריצוף פלינדרומים.[16] יקר ולא ישים לפרויקטים גדולים.

פירוסיקוונסינגעריכה

  ערך מורחב – פירוסיקוונסינג

שיטת ריצוף באמצעות סינתזה, המבוססת על זיהוי שחרור של פירופוספט כשמתחבר נוקלאוטיד לרצף. השיטה הוצגה על ידי מוסטפא רונגי (בפרסית: مصطفی رونقی) ופול נירן (בשוודית: Pål Nyrén) מהמכון הטכנולוגי המלכותי בסטוקהולם ב-1996.

בשיטה נעזרים בDNA פולימראז הבונה את הרצף המשלים לרצף שאותו רוצים לרצף, כשלצידו נמצא אנזים כימולומיניסנטי (הפולט אור). במהלך הריצוף מוסף בכל פעם dNTP שונה, ואם הנוקלאוטיד מתאים לרצף, הוא מתחבר ונפלט פירופוספט. אנזים ATP סולפורילאז יותר מהפירופוספט ATP, המשמש את הלוציפראז ללוציפרין לאוקסולוציפרין הפולט אור. לאחר מכן מנוקים כל ה-dNTPs שלא נקשרו באמצעות ADPase המפרק אותם, וממשיכים בריצוף באמצעות נוקלאוטיד שונה.

אילומינהעריכה

  ערך מורחב – ריצוף אילומינה
 
מרצף אילומינה HiSeq 2500

השיטה פותחה על ידי חוקרים בחברת Manteia Predictive Medicine (אשר נרכשה על ידי חברת סולקסה [Solexa] ב-2004) וסולקסה עצמה, אשר גם היא נרכשה לאחר מכן על ידי חברת אילומינה.

שיטה זו מבוססת על שימוש בסמנים פלאורוסנטים הפיכים אשר מאפשרים את הזיהוי של בסיסים בודדים בעת שהם מצורפים לרצף ה-DNA. מקטעי DNA קצרים נקשרים לשבב, ומוגברים עליו, ליצירת אות חזק מספיק להיקלט האמצעות אופטיקה ייעודית. ארבעה סוגים של בסיסים מוספים (אדנין, טימין, ציטוזין וגואנין), כאשר כל אחד צבוע פלואורסצנטית בצבע אחר ומחובר לקבוצה חוסמת החוסמת את הצבע. ארבעת סוגי הבסיסים מתחרים על אזורי הקישור בתבנית ה-DNA לטובת הריצוף ומולקולות שלא נקשרו נשטפות, ומתבצע קריאה של האותות הפלורסנטיים באורכי הגל הרלוונטיים. אחרי כל סינתזה, מסירים באמצעות לייזר את הקבוצה החוסמת בקצה ה-3'. התהליך חוזר על עצמו עד אשר כל מולקולת ה-DNA מרוצפת, בין כל הוספה של נוקלאוטידים יש צורך בשטיפות.

שיטת Ionעריכה

שיטה זו מבוססת על זיהוי פרוטון (יון מימן) המשתחרר בזמן פולימריזציית DNA. זוהי שיטה בה הריצוף מתבצע על ידי סינתזה, שבמהלכה הגדיל המשלים נבנה על גבי רצף גדיל המקור. אל מיקרו-באריות, המכילות את גדיל המקור מ-DNA אותו מעוניינים לרצף, מוזרמים לסירוגין בסיסי DNA - דהאוקסינוקלאוטיד פוספט, סוג אחד של חומצת גרעין בכל מחזור פעולה. אם הבסיס המוצג משלים לנוקלאוטיד המוביל בגדיל המקור, הוא מצורף אל הגדיל המשלים המסונתז, תוך כדי פליטת יון מימן, המאותת לחיישן יונים וזה מזהה כי התגובה התרחשה בעקבות השינוי בערך ההגבה (pH). אם ישנן חזרות ברצף המקור, מספר נוקלאוטידים יצורפו במחזור אחד. התרחשות זו תגרור אחריה פליטת יוני מימן בהתאם וכן עליה פרופורציונית בעוצמת האיתות החשמלי.

SOLiDעריכה

SOLiD ‏(Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection; ריצוף באמצעות קשירה וזיהוי של אוליגונוקלאוטידים) היא שיטה שפותחה על ידי Applied Biosystems. הריצוף מבוסס על שני בסיסים המסומנים עם סמן פלואורסצנטי.

שיטות בפיתוחעריכה

  ערך מורחב – תעלות מרצפות

שיטת תעלות מרצפות, היא שיטת ריצוף חדשנית המצויה בשלבי פיתוח מתקדמים וטרם זמינה בשוק. השיטה מבוססת על חדירת מולקולת DNA חד-גדילית דרך תעלות חלבוניות, בעלות קוטר של ננומטרים בודדים, הנעוצות בממברנה טבעית או מלאכותית. העברת הממברנה לתמיסה פיזיולוגית, והטענת שני צידיה הממברנה במטען חשמלי מנוגד מאפשרת תנועה של גדיל ה-DNA מצידה האחד של הממברנה לצידה האחר דרך הננו-תעלות. מעבר של בסיסים שונים ברצף החד-גדיל דרך התעלה מביא לשינוי במתח הממברנה, והואיל וכל אחד מארבעת הבסיסי המצויים בDNA גורם לשינוי אחר במתח הממברנה ניתן לזהותו על ידי מדידת המתח, כך שמעבר הגדיל השלם מאפשר את זיהוי הרצף כולו. יתרונותיה העיקריים של השיטה הם מהירות הריצוף ועלותו הנמוכה, הואיל והשיטה אינה דורשת שימוש באנזימים, כגון DNA פולימראז או בנוקלאוטידים מסומנים פלואורסצנטית, אך חסרונה העיקרי הוא אחוז שגיאה גבוה.

ישנן שיטות ריצוף נוספות אשר עושות שימוש בננו-תעלות, ובהן מתבצע זיהוי הבסיסים ברצף באמצעות סימונם בפלואורסצנציה שונה, ותוך פולימריזציה של גדיל משלים לחד-גדיל המרוצף על ידי DNA פולימראז או עיכולו בסיס-אחר-בסיס בעזרת אקסונוקלאז.

קלט ופלט הריצוףעריכה

בשיטות הריצוף המוקדמות, בהם מרוצף בכל פעם מולקולה אחת של DNA, ישנו צורך להגביר את כמות העותקים שלו כדי שיהיה ניתן להבחין בסימון הנוקליאוטידים. לצורך כך, יש להפיק את ה-DNA הרצוי וליצור ממנו עותקים זהים - באמצעות PCR או שיבוט. בשיטות ריצוף מהדור החדש יש להכין ספרייה שכוללת מקטעי DNA שונים, שייעודית לטכנולוגיית הריצוף הרצויה. בתוך מכונת ההרצפה, באזורים ייעודים המבדילים בין המקטעים השונים, מבוצעת תגובת PCR בכדי להעלות את כמות העותקים לסף החישה של המכונה.

מכונות ההרצפה השונות נותנות לרוב כפלט קובץ טקסט בפורמט FASTQ. קובץ זה מכיל מידע על תוכן רצף ה-DNA, ועל איכות הקריאה, לפי ציון פרד. ישנן תוכנות שונות באמצעותם ניתן לבצע אנליזה לתוצאות הריצוף, כגון התוכנה החינמית גלקסי.

שימושיםעריכה

ניתן להשתמש בריצוף כדי לפענח תוכן הן של גן בודד והן של גנום שלם. ריצוף DNA היא השיטה הטובה היעילה ביותר בכדי לפענח בצורה בלתי-ישירה רצפי RNA וחלבונים. למעשה, ריצוף DNA הפך להיות טכנולוגיה מרכזית ברוב תחומי הביולוגיה ובתחומים משיקים, כגון זיהוי פלילי ואנתרופולוגיה.

ביולוגיה מולקולריתעריכה

  ערך מורחב – ביולוגיה מולקולרית

בביולוגיה מולקולרית נעשה שימוש בריצוף בכדי לחקור גנומים ולאפיין את פרופיל ה שעתוק, באמצעות המרת רצפי RNA ל-cDNA. המידע האצור ברצפים יכול ללמד את החוקרים על שינויים שחלים ברצפים במצבים מסוימים, הקשר בין רצפים למחלות ולזיהוי מטרות לטיפול. בנוסף, ידיעת הרצף מאפשרת לתכנן ביעילות מגוון רחב של שיטות מולקולריות שונות המשמשות למחקר ולהנדסה גנטית. ההתפתחויות בתחום ה-DNA הרקומביננטי הלכו יד ביד עם התקדמות טכנולוגיות הריצוף.

ביולוגיה אבולציוניתעריכה

מכיוון ש-DNA עובר בתורשה, DNA משמש למחקרים בתחום ביולוגיה אבולציונית, כדי לחקור התפתחות יצורים והקשרים בינהם. בפברואר 2021 חוקרים פירסמו רצף DNA של ממותה שגילה מוערך ביותר ממיליון שנה, וזהו רצף ה-DNA העתיק ביותק שרוצף עד היום.

מטא-גנומיקהעריכה

  ערך מורחב – מטא-גנומיקה

מטא-גנומיקה הוא תחום מדעי העוסק בחקר של כלל החומר הגנטי שנאסף מדגימות סביבתיות, כגון דגימות אדמה, ביוב, מים, אוויר ודגימות מיצורים. הידע אילו יצורים מאכלסים סביבות חשוב לחוקרים בתחומים רבים, כגון אקולוגיה, אפידמיולוגיה ומיקרוביולוגיה. בעזרת ריצוף ניתן לדעת, לדוגמה, אילו מיקרובים מרכיבים מיקרוביום מסוים.

וירולוגיהעריכה

  ערך מורחב – וירולוגיה

רוב הנגיפים הם קטנים מידי בכדי לצפות בהם באמצעות מיקרוסקופ אור, וריצוף הגנום שלהם הוא כלי מרכזי בזיהוי ובחקר נגיפים. בעזרת מעקב אחרי שינויים ברצפי הגנום ניתן לעקוב אחר התפשטות נגיפים, באמצעות מעקב אחרי השעון המולקולרי. במאגר ה-GenBank יש למעלה מ-2.3 מיליון רצפים ייחודיים של נגיפים, כאשר רובם רוצפו בשיטות מהדור החדש. שיפורים טכנולוגיים הפכו את הריצוף הגנטי לכלי מרכזי במאבק בקורונה - מפיתוח חיסון במהירות ועד מעקב אחר וריאנטים חדשים. מומחים צופים כיו הטכניקה תיכנס לשימוש נרחב ברפואה, וחוזים כי זו תהיה "הבדיקה הקלינית היעילה והחשובה ביותר"[17].

רפואהעריכה

  ערך מורחב – רפואה מותאמת אישית

ניתן לרצף גנומים של בני-אדם בכדי לגלות את הסיכון למחלות גנטיות זהו סוג של בדיקת סקר גנטית, ולרוב לא מרצפים את הגנום בשלימותו, אלא רק את האיזורים המקודדים, הידוע בשם אקסום, ומהווה כ-1-2% מהגנום. אם בדיקה זו לא מגלה את שורש הבעייה, ניתן לפנות לריצוף הגנום כולו. באמצעות פענוח רצף DNA של מטופל יכול המטפל להתאים לו טיפול מתאים.


ראו גםעריכה

קישורים חיצונייםעריכה

  מדיה וקבצים בנושא ריצוף DNA בוויקישיתוף

הערות שולייםעריכה

  1. ^ לפי החלטת האקדמיה ללשון העברית במילון ביולוגיה: מיקרוביולוגיה (תשנ"ה), 1994
  2. ^ ישנם נגיפים להם החומר התורשתי הוא RNA, אך וירוסים אינם מוגדרים יצורים חיים
  3. ^ F. Sanger, S. A. (1977). DNA seqencing with chain-terminating inhibitors. PNAS, 74 (12), 5463-5467.
  4. ^ http://genome.cshlp.org/content/11/1/3.short
  5. ^ A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis with DNA polymerase, המאמר שפרסם ב-1975 בכתב העת לביולוגיה מולקולרית
  6. ^ DNA sequencing with chain-terminating inhibitors, המאמר שפרסמו ב-1977 ב-PNAS
  7. ^ Quail, Michael; Smith, Miriam E; Coupland, Paul et al. (1 בינואר 2012). "A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion torrent, pacific biosciences and illumina MiSeq sequencers". BMC Genomics 13 (1): 341. PMC 3431227. PMID 22827831. doi:10.1186/1471-2164-13-341. 
  8. ^ Liu, Lin; Li, Yinhu; Li, Siliang et al. (1 בינואר 2012). "Comparison of Next-Generation Sequencing Systems". Journal of Biomedicine and Biotechnology (Hindawi Publishing Corporation) 2012: 1–11. doi:10.1155/2012/251364. 
  9. ^ New Products: PacBio's RS II; Cufflinks | In Sequence | Sequencing | GenomeWeb
  10. ^ Pacific Biosciences Introduces New Chemistry With Longer Read Lengths
  11. ^ http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n6/full/nmeth.2474.html
  12. ^ De novo bacterial genome assembly: a solved problem? | In between lines of code
  13. ^ Rasko, David A.; Webster, Dale R.; Sahl, Jason W. et al. (25 באוגוסט 2011). "Origins of the Strain Causing an Outbreak of Hemolytic–Uremic Syndrome in Germany". N Engl J Med 365 (8): 709–717. doi:10.1056/NEJMoa1106920. 
  14. ^ van Vliet, Arnoud H.M. (1 בינואר 2010). "Next generation sequencing of microbial transcriptomes: challenges and opportunities". FEMS Microbiology Letters 302 (1): 1–7. doi:10.1111/j.1574-6968.2009.01767.x. 
  15. ^ Murray, I. A.; Clark, T. A.; Morgan, R. D.; Boitano, M.; Anton, B. P.; Luong, K.; Fomenkov, A.; Turner, S. W.; Korlach, J.; Roberts, R. J. (2 באוקטובר 2012). "The methylomes of six bacteria". Nucleic Acids Research 40 (22): 11450–62. PMC 3526280. PMID 23034806. doi:10.1093/nar/gks891. 
  16. ^ Yu-Feng Huang, Sheng-Chung Chen, Yih-Shien Chiang, Tzu-Han Chen & Kuo-Ping Chiu (2012). "Palindromic sequence impedes sequencing-by-ligation mechanism". BMC systems biology. 6 Suppl 2: S10. PMID 23281822. doi:10.1186/1752-0509-6-S2-S10. 
  17. ^ הניו יורק טיימסמתחוללת מהפכה בתחום הריצוף הגנטי, באתר הארץ, 4 באפריל 2021