מועדוניו הקודמים היו קיי אף סי וינטרסלג, אנדרלכט ופ.ס.וו. איינדהובן. במהלך תקופתו במדי פ.ס.וו. ההולנדית, ניליס היה חלק מאחד מזוגות החלוצים הפוריים ביותר באירופה יחד עם רוד ון ניסטלרוי. בעונת 1998–1999, ניליס וון ניסטלרוי כבשו יחדיו 55 שערי ליגה, לבדם. ון-ניסטלרוי סיים כמלך השערים, וניליס במקום השני. בעונה שלאחר מכן, האחרונה של ניליס במועדון, צמד החלוצים האימתני כבש 48 שערי ליגה.
ניליס שיחק 56 פעמים במדי הנבחרת הבלגית, וכבש במדיה 10 שערים. אף על פי שבמדי המועדונים בהם שיחק כבש בצרורות, שערו הראשון במדי הנבחרת נפל רק במהלך הופעתו ה-24 בנבחרת (ניצחון 0–9 על זמביה). ניליס שיחק במהלך טורנירי מונדיאל 1998 ויורו 2000, שאותו אירחה במשותף בלגיה יחד עם הולנד.
