וילי הניג – הבדלי גרסאות

ב-[[1950]] נענה בחיוב לבקשה לשמש כפרופסור והחל להרצות על ה[[זואולוגיה]] של [[חסרי חוליות|חסרי החוליות]], [[סיסטמטיקה]] זואולוגית ו[[טקסונומיה]] מעשית. באותה שנה פרסם את ספרו "קווי היסוד של תיאורייתתאוריית ה[[סיסטמטיקה פילוגנטית|סיסטמטיקה הפילוגנטית]]" וכן מאמרים נוספים על ה[[מתודולוגיה]] של הסיסטמטיקה ה[[פילוגנטיקה|פילוגנטית]], אותם הרחיב בשנה שלאחר מכן בעזרת עבודות [[טקסונומיה|טקסונומיות]] על ה[[זבובאים]]. ספרו נושא שני הכרכים "ספר כיס על זואולוגיה", בו הציע לראשונה את הסיסטמטיקה הפילוגנטית של חסרי החוליות, זכה להצלחה.

עבודותיו של הניג עסקו באופן כמעט מוחלט בשיפור הטקסונומיה של דיפטרנס. במוזיאון הלאומי לידיעת הטבע בשטוטגרט פירסםפרסם הניג 29 עבודות, שהן רוב עבודותיו. חשובות ביותר היו עבודותיו שבוקרו על ידי [[הרווין לינדנר]] "קבצים על האזור ה[[פליארקטי]]" ו"ספר הכיס של הזואולוגיה". המתודולוגיה ה[[קלדיסטיקה|קלדיסטית]] מותווית גם בהן גם במאמר "אנאליזה קלדיסטית או סיווג קלדיסטית? תגובה ל[[ארנסט מאייר]]" ("Cladistic analysis or cladistic classification? A reply to Ernst Mayr"), שפורסם ב-1974 ונכתב כתגובה לביקורתו של מאייר לפילוגנטיקה הסיסטמטית שהציע הניג.

הניג התפרסם בעיקר בזכות פיתוח התיאוריההתאוריה הפילוגנטית, אותה ראה כ[[לוגיקה]] צרופה וכמדע טהור, זאת בניגוד לקודמי התיאורטיקניםהתאורטיקנים בתחום. הרעיון שעמד בבסיס תרומתו היה זיהוי של איברים [[הומולוגיה (ביולוגיה)|הומולוגים]] ולא הומולוגים באורגניזמים, בשיטה שמבוססת על ממצאים לגבי תכונות מורשות שונות (כולל [[ריצוף DNA]], [[מורפולוגיה]], [[התנהגות]] וכו'). בנוסף, הגדיר הניג את המושג [[קלייד‎]] באמצעות בדיקת העבר של היצור בעזרת [[מאובן|מאובנים]].