ריצוף DNA – הבדלי גרסאות
תוכן שנמחק תוכן שנוסף
Matanyabot (שיחה | תרומות) מ בוט החלפות: \1 |
מ עריכה ומעט הרחבה גם לפי ריצוף אילומינה |
||
שורה 2:
[[תמונה:Sequencing.jpg|שמאל|ממוזער|200px|חלק מג'ל עם מקטעי DNA מסומנים]]
[[קובץ:Radioactive Fluorescent Seq.jpg|שמאל|ממוזער|200px|דוגמה לשימוש ב4 צבעים פלואורסנטיים ]]
'''ריצוף [[DNA]]''' (בעברית '''הַרְצָפָה'''<ref>לפי החלטת האקדמיה ללשון העברית במילון ביולוגיה: מיקרוביולוגיה (תשנ"ה) , 1994</ref>) הוא תהליך של קביעת סדר ה[[נוקלאוטיד
== מטרה ==
שורה 24:
*'''[[ריצוף SOLiD]]''' {{כ}} (SOLiD sequencing).
*'''[[ריצוף בשיטת Nanoball]]''' {{כ}} (Nanoball sequencing).
===Pyrosequencing===
שיטת ריצוף באמצעות סינתזה, המבוססת על זיהוי שחרור של [[פירופוספט]] כשמתחבר [[נוקלאוטיד]] לרצף. השיטה הוצגה על ידי מוסטפה רונגי (בפרסית: مصطفی رونقی) ופול נירן (בשבדית: Pål Nyrén) מ[[המכון הטכנולוגי המלכותי]] ב[[סטוקהולם]] ב-[[1996]].
בשיטה נעזרים ב[[DNA פולימראז]] הבונה את הרצף המשלים לרצף שאותו רוצים לרצף, כשלצדו נמצא [[אנזים]] [[אורות ביולוגית|כימולומיניסנטי]] (הפולט אור). במהלך הריצוף מוסף בכל פעם [[נוקלאוטיד|dNTP]] שונה, ואם הנוקלאוטיד מתאים לרצף, הוא מתחבר ונפלט פירופוספט. אנזים ATP סולפורילאז יותר מהפירופוספט ATP, המשמש את הלוציפראז ללוציפרין לאוקסולוציפרין הפולט אור. לאחר מכן מנוקים כל ה-dNTPs שלא נקשרו באמצעות ADPase המפרק אותם, וממשיכים בריצוף באמצעות נוקלאוטיד שונה.
===אילומינה===
{{הפניה לערך מורחב|ריצוף אילומינה}}
[[קובץ:Illumina HiSeq 2500.jpg|ממוזער|מרצף אילומינה HiSeq 2500]]
השיטה פותחה על ידי חוקרים בחברת Manteia Predictive Medicine (אשר נרכשה על ידי חברת סולקסה [Solexa] ב-2004) וסולקסה עצמה, אשר גם היא נרכשה לאחר מכן על ידי חברת אילומינה.
שיטה זו מבוססת על שימוש בצבעים הפיכים אשר מאפשרים את הזיהוי של בסיסים בודדים בעת שהם מצורפים לרצף ה-DNA. ארבעה סוגים של בסיסים מוספים ([[אדנין]], [[טימין]], [[ציטוזין]] ו[[גואנין]]), כאשר כל אחד [[פלורסנציה|צבוע פלורסנטי]] בצבע אחר ומחובר לקבוצה חוסמת החוסמת את הצבע. ארבעת סוגי הבסיסים מתחרים על אזורי הקישור בתבנית ה-[[DNA]] לטובת הריצוף ומולקולות שלא נקשרו נשטפות. אחרי כל סינתזה, מסירים באמצעות [[לייזר]] את הקבוצה החוסמת בקצה ה-3'. התהליך חוזר על עצמו עד אשר כל מולקולת ה-DNA מרוצפת, בין כל הוספה של נוקלאוטידים יש צורך בשטיפות.
===SOLiD===
SOLiD {{כ}}(Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection; ריצוף באמצעות קשירה וזיהוי של אוליגונוקלאוטידים) היא שיטה שפותחה על ידי [[Applied Biosystems]]. הריצוף מבוסס על שני בסיסים המסומנים עם סמן פלואורסנטי.
==שיטות בפיתוח==
שיטת [[תעלות מרצפות]], הינה שיטת ריצוף חדשנית המצויה בשלבי פיתוח מתקדמים וטרם זמינה בשוק. השיטה מבוססת על חדירת מולקולת DNA חד-גדילית דרך תעלות [[חלבון|חלבוניות]], בעלות קוטר של [[מטר|ננומטרים]] בודדים, הנעוצות ב[[ממברנה]] טבעית או מלאכותית. העברת הממברנה ל[[תמיסה פיזיולוגית]], והטענת שני צידיה הממברנה ב[[מטען חשמלי]] מנוגד מאפשרת תנועה של גדיל ה-DNA מצידה האחד של הממברנה לצידה האחר דרך הננו-תעלות. מעבר של בסיסים שונים ברצף החד-גדיל דרך התעלה מביא לשינוי ב[[מתח]] הממברנה, והואיל וכל אחד מארבעת הבסיסי המצויים ב-DNA גורם לשינוי אחר במתח הממברנה ניתן לזהותו על ידי מדידת המתח, כך שמעבר הגדיל השלם מאפשר את זיהוי הרצף כולו. יתרונותיה העיקריים של השיטה הם מהירות הריצוף ועלותו הנמוכה, הואיל והשיטה אינה דורשת שימוש באנזימים, כגון דנ"א פולימרז או בנוקלאוטידים מסומנים פלורוסנטית, אך חסרונה העיקרי הוא אחוז שגיאה גבוה.
שורה 33 ⟵ 49:
* [[RNA-seq]]
* [[Shotgun sequencing]]
▲* [[תעלות מרצפות]]
* [[אטלס הגנום הסרטני]]
==קישורים חיצוניים==
{{ויקישיתוף בשורה}}
* דוידסון אונליין - מאגר מדע: [http://davidson.weizmann.ac.il/online/maagarmada/technology/%D7%A8%D7%99%D7%A6%D7%95%D7%A3-dna קביעת רצף דנ"א] סרטון עם הסברים.
| |||