אב קדמון משותף – הבדלי גרסאות

לדוגמה, הקרבה הגנטית בין יצורים [[פרוקריוטיים]] הוערכה בדרך כלל על בסיס הדמיון הרצפי בגן [[RRNA|הרנ"א הריבוזומלי]] ''16s rRNA''. זאת משום שהרצף הגנטי של גן זה דומה עבור מינים קרובים, אך שונה דיו כדי לכמת את ההבדלים ביניהם. אולם במרוצת השנים הסתבר כי גם גן זה מועבר אופקית. העברה זו, גם אם אינה שכיחה, מחייבת בחינה מחדש של אילנות היוחסין שנבנו על בסיס הדמיון הרצפי בגן 16s rRNA.<ref>{{הערה|1=Mirkin BG, Fenner TI, Galperin MY, Koonin EV, [http://dx.doi.org/10.1186/1471-2148-3-2 '''Algorithms for computing parsimonious evolutionary scenarios for genome evolution, the last universal common ancestor and dominance of horizontal gene transfer in the evolution of prokaryotes'''], BMC Evol Biol. 2003 Jan 6;3:2</ref>}}

הביולוג [[פיטר גוגרטן]] מציע כי ה[[מטאפורה]] של אילן יוחסין אינה מתאימה עוד לממצאי המחקר הגנומי. יש להחליפה במטאפורה של מעשה [[פסיפס]], שבו שושלות תורשתיות שונות המשתלבות זו בזו. לשיטתו , לא ניתן לתאר את יחסי הגומלין העשירים בין החיידקים באמצעות [[גרף (תורת הגרפים)|גרף]] של [[עץ (תורת הגרפים)|עץ]], אלא באמצעות [[תורת הרשתות האקראיות|רשת]].<ref>{{הערה|1=http://www.esalenctr.org/display/confpage.cfm?confid=10&pageid=105&pgtype=1</ref>}}

<ref>{{הערה|1=http://web.uconn.edu/gogarten/articles/TIG2004_cladogenesis_paper.pdf</ref>}}