ישיבת מרכז הרב – הבדלי גרסאות

לאחר פטירתו של הראי"ה, התמנה לראשות הישיבה תלמידו הרב [[יעקב משה חרל"פ]], והרב שלום נתן רענן התמנה למנהל הישיבה. תקופה זו הייתה קשה מבחינה כלכלית וביטחונית. אותות התקופה הזאת ניכרו גם בישיבה. בשנת תש"ה ([[1946]]) הצטרף הרב [[אברהם אלקנה כהנא שפירא|אברהם שפירא]], שנישא לאחותו של הרב רענן, לצוות הישיבה. במהלך [[מלחמת העצמאות]] התגייסו רבים מבני הישיבה לצה"ל, זאת חרף המחלוקת בשאלה זו בין הרב צבי יהודה שקרא לגיוס לבין הרב חרל"פ שהתנגד לו, בדומה לראשי ישיבות נוספים בירושלים באותה תקופה. העדרות התלמידים בתקופה זו ונפילתם של מספר תלמידים גרמה לירידה במצב הישיבה.