זווית דו-מישור – הבדלי גרסאות

איור 3 ממחיש את הזווית הדו-מישורית בין ארבעה אטומים. האטום הראשון פונה כלפי מטה, האטום הרביעי פונה באלכסון ימינה ואילו האטומים השני והשלישי ממוקמים במרכז. וקטור הקשר השני יוצא מתוך הדף. הזווית הדו-מישורית <math>\ \phi</math> היא הזוית הנוצרת בין הוקטור האדום <math>\mathbf{b}_{1}</math> לבין הוקטור הכחול <math>\mathbf{b}_{3}</math> במגמה מתימטית חיובית (נגד [[כיוון השעון]]). כאשר האטום הרביעי משלים הקפה סביב האטום הראשון, הזווית הדו-מישורית מתאפסת. כאשר האטומים הראשון והרביעי נגדיים זה לזה, כמו באיור 2, הזווית הדו-מישורית היא <math>\ 180^{\circ}</math>.

כלומר, הזווית <math>\ \phi</math> קובעת את המרחק בין אטומי הפחמן של קבוצות ה[[קרבוקסיל]] של חומצות אמינו שכנות <math>\mathrm{C^{\prime}-C^{\prime}}</math>. הזווית <math>\ \psi</math> קובעת את המרחק בין אטומי החנקן של קבוצות ה[[אמין (כימיה)|אמין]] של חומצות אמינו שכנות <math>\ \mathrm{N-N}</math>. לבסוף, הזווית <math>\ \omega</math> קובעת את המרחק בין אטומי הפחמן הראשיים של חומצות אמינו שכנות <math>\ \mathrm{C^{\alpha}-C^{\alpha}}</math>.

מישוריות הקשר הפפטידי מאלצת את הזווית השלישית <math>\ \omega</math> להיות <math>0^{\circ}</math> או <math>180^{\circ}</math>. התצורה בה<math>\ \omega=0^{\circ}</math> מכונה תצורת ''ציס'' (''cis'') ואילו התצורה בה <math>\ \omega=180^{\circ}</math> מכונה תצורת ''טראנס'' (''trans''). אלה תצורות [[איזומר]]יות. המרחקים בין אטומי הפחמן המרכזיים <math>\ \mathrm{C^{\alpha}}</math> בתצורות ''ציס'' ו''טראנס'' הינם בקירוב 2.8 ו-3.8 [[אנגסטרם]], בהתאמה. באופן כללי, תצורת ''טראנס'' שכיחה יותר בחלבונים. תצורת ''ציס'' מופיעה בעיקר בקשר הפפטידי לקבוצה האימינית של חומצת האימינו [[פרולין]].

הזוויות הדו-מישוריות בחלבונים מסומנות כ-<math>\ \chi_{1}</math>-<math>\ \chi_{5}</math>, בהתאם למרחקן מאטום הפחמן המרכזי הנושא את השייר של חומצת האמינו. הזווית הראשונה <math>\ \chi_{1}</math> מוגדרת ע"י האטומים <math>\ \mathrm{N-C^{\alpha}-C^{\beta}-C^{\gamma}}</math>, הזווית השנייה <math>\ \chi_{2}</math> מוגדרת ע"י האטומים <math>\ \mathrm{C^{\alpha}-C^{\beta}-C^{\gamma}-C^{\delta}}</math>, וכן הלאה.