Prototype – הבדלי גרסאות

בשימוש במידע המסופק על ידי גוארה, הלר פורץ למסופי Blacknet לברר על המבצעים שלהם ולחבל במספר פעולות שלהם. בהדרגה כשהוא שואב את החיילים בBlackwatch כדי לגלות עוד מידע, הלר סופו של דבר מוצא ומתעמת עם ד"ר אנטון קאוניג, שמתיימר להיות בצד שלו וחושף את תוכנית סופר החייל של Blackwatch, שנקראת "אוריון". הלר מונע את התקדמות הפרויקט של אוריון על ידי הריגת סופר חייל שהזריקו לו DNA שלו. אחרי שהוא שואב את אחד מהמדענים הראשיים במחקר הלר מגלה כי ד"ר קאוניג התבונן בו כדי למצוא את חולשתו, רק כדי לגלות שיש לו סמכויות דומות לשלו, והוא אחד מכמה סוכנים "המפותחים", שנשתלו בGentek וBlackwatch על ידי מרסר. לאחר שהביס את ושאב את הדוקטור, מרסר מגלה להלר כי בכוונתו לגייס אותו בניסיון לשלוט בNYZ. ספקותיו גוברות לאחר שגוארה מראה להלר [[קלטת וידאו]] של מרסר משחרר את הנגיף בפעם השנייה בתחנת פן, באותו המקום בו מרסר שחרר את הנגיף בפעם הראשונה.

 

 

מתוסכל מזה שהלר מחבל בתוכניותיו, מרסר הורג את אב גוארה; על מציאת הגופה שלו, לעומת זאת, הלר משתמש בטלפון של גוארה כדי להגיע לאתנה איש הקשר של גוארה שמתגלה כדנה מרסר (אחותו של אלכס), דנה מסבירה כי בתו של הלר, מאיה, היא עדיין בחיים, מה שגרם להלר לחזור לאזור האדום להרוג את אלכס ולהציל את מאיה. אחרי מניעת הניסיון השני של Blackwatch לרמת אי מנהטן, רוקס עוזר להלר להגיע לבתו, רק כדי לגלות שגאלווי בגדה בו ולקחה את מאיה לאלכס מרסר. כשהוא מתמודד עם מרסר הוא דורש ממנו לתת לו בחזרה את הבת שלו אלכס מסרב וממשיך לדבר על תוכניתו שבה הוא מתכנן לפתור מחלות, סכסוכים בינלאומיים ובעיות עולם על ידי הדבקה של המין האנושי כולו, בצורה יעילה יצירת אורגניזם עם מאייה במרכז. לאחר שהסביר להלר את תוכניתו מרסר שואב את גאלווי ואת כל החיילים שלו על מנת לקבל עוד כוח ומהירות, השניים מנהלים קרב אכזרי ועקוב מדם, שבסופו ג'יימס הורג את אלכס בכך שתולש את ידיו של מרסר ושואב אותו כשידיו חתוכות.