אלכסנדר ינאי – הבדלי גרסאות

הצלחתו הצבאית טבעה בים הסכסוכים הפנימיים בין ה[[פרושים]] וה[[צדוקים]]. הפרושים תבעו החזרת סמכויות השיפוט שנלקחו מה[[סנהדרין]], וסמכויות ההנהגה של חבר היהודים, ויש הטוענים{{הערה|{{בבלי|קידושין|סו|א}}.}} גם הפרדה בין משרת הכהונה הגדולה לבין משרת המלוכה. גיסו, על פי המקורות היהודיים, היה [[שמעון בן שטח]], ראש חכמי הפרושים, אך הדבר לא תרם לשיפור היחסים ביניהם. לפרושים הייתה השפעה רבה על המון העם, אך ינאי העדיף את תמיכת עדת הכהנים הצדוקים שבראשה עמד ככהן גדול, שהרכיבה גם את האריסטוקרטיה הצבאית והפוליטית ביהודה. הסכסוכים הפנימיים האלו הובילו בסופו של דבר למלחמת אחים. הסכסוך נמשך 6 שנים, והפיל לפי עדות [[יוסף בן מתתיהו]] חמישים אלף הרוגים, כשינאי מדכא את ההתקוממות באכזריות רבה בעזרת חיל שכירים. במסגרת הענישה מסופר כי הוא הורה [[צליבה|לצלוב]] כשמונה מאות פרושים מורדים ושחט את בני משפחותיהם לעיניהם; מאורע אחרון זה מוזכר הן על ידי בן מתתיהו והן ב[[מגילות קומראן]]{{הערה|אריאל רפפורט, אהרן פפנהיימר. '''פרקים בתולדות ירושלים בימי בית שני: ספר זיכרון לאברהם שליט'''. יד יצחק בן צבי, [[1980]]. עמ' 93.}}. אף כי המספרים נחשבים בעיני חוקרי זמננו כמופרכים מעיקרם, יש בהם כדי להצביע על עוצמת הבעיות שבתחומי ממלכתו.

 

שמעון בן שטח ניצל על ידי אחותו (שלומציון אשת ינאי) שהחביאה אותו, ואחרים כמו [[יהושע בן פרחיה]]{{הערה|{{בבלי|סוטה|מז|א}}}}, ברחו למצרים ושבו רק אחר ששמעון בן שטח הוחזר למעמדו ומונה כראש הסנהדרין בזכות אחותו המלכה.