אב קדמון משותף – הבדלי גרסאות

בתיאור נאיבי, אם נתאר את קבוצת האורגניזמים ב[[עץ פילוגנטי]] ([[אילן יוחסין]]), כשמכל אורגניזם יוצאים ענפים לצאצאיו, האק"מ יהיה הפרט שדרך הענפים שיוצאים ממנו ניתן להגיע לכל אורגניזם בקבוצה, וכל אורגניזם אחר שהוא צאצא שלו לא מקיים זאת. מכשול ראשון שעולה הוא הגדרת האק"מ ביצורים המתרבים ב[[רבייה זוויגית]]. במקרה כזה לכל פרט יש יותר מהורה אחד, דבר שיכול להוביל ליותר מאק"מ אחד. לכן במקרה כזה מגדירים אק"מ זכרי ואק"מ נקבי. אחד המתאים לכל שושלת. אין זה הכרח שהאק"מ הזכרי והנקבי חיו במקביל, ולקבוצות גדולות זה אף בלתי סביר.

 

 

לדוגמה, הקרבה הגנטית בין יצורים [[פרוקריוטיים]] הוערכה בדרך כלל על בסיס הדמיון הרצפי בגן [[RRNA|הרנ"א הריבוזומלי]] ''16s rRNA''. זאת משום שהרצף הגנטי של גן זה דומה עבור מינים קרובים, אך שונה דיו כדי לכמת את ההבדלים ביניהם. אולם במרוצת השנים הסתבר כי גם גן זה מועבר אופקית. העברה זו, גם אם אינה שכיחה, מחייבת בחינה מחדש של אילנות היוחסין שנבנו על בסיס הדמיון הרצפי בגן 16s rRNA.{{הערה|1=Mirkin BG, Fenner TI, Galperin MY, Koonin EV, [http://dx.doi.org/10.1186/1471-2148-3-2 '''Algorithms for computing parsimonious evolutionary scenarios for genome evolution, the last universal common ancestor and dominance of horizontal gene transfer in the evolution of prokaryotes'''], BMC Evol Biol. 2003 Jan 6;3:2}}