|
בעונת [[עונת 2003/2004 בליגת העל בכדורגל|2003/2004]] עבר יצחקי ל[[בית"ר ירושלים]]. באותה עונה עמד מאזנו על שלושה שערים ושלושה בישולים. בעונת [[עונת 2004/2005 בליגת העל בכדורגל|2004/2005]], תחת הדרכתו של ה[[מאמן]] [[לואיס פרננדס]], זכה יצחקי ליותר דקות משחק, והפך לבורג מרכזי בחולייה ההתקפית של הקבוצה. בסיום עונת [[עונת 2005/2006 בליגת העל בכדורגל|2005/2006]], קיבל יצחקי הצעה מקבוצת [[ראסינג גנק]] ה[[בלגיה|בלגית]] להצטרף לשורותיה. בסופו של דבר, נשאר יצחקי בבית"ר ירושלים וחתם על חוזה ל-5 עונות נוספות. בתחילת עונת [[עונת 2006/2007 בליגת העל בכדורגל|2006/2007]] נפצע יצחקי, והחמיץ את מרבית משחקי הליגה. הוא החלים מהפציעה וחזר להרכב הקבוצה במהלך הסיבוב השלישי של הליגה, ועם שובו למגרשים הציג יכולת טובה וכבש מספר שערים משמעותיים שסייעו למועדון לזכות באליפות.
בתחילת עונת [[עונת 2007/2008 בליגת העל בכדורגל|2007/2008]] שיחק עם בית"ר ירושלים במוקדמות [[ליגת האלופות]], וב-[[27 בדצמבר]] [[2007]] חתם יצחקי לשלוש שנים וחצי בראסינג גנק הבלגית{{הערה|{{one|[[אופירה אסייג]] ואסף מרגלית|עכשיו זה סופי: ברק יצחקי חתם בגנק ל-3.5 שנים|107435|27 בדצמבר 2007}}}}, שם שיתף פעולה חלוץ ישראלי נוסף, [[אליניב ברדה]]. ב-[[12 ביולי]] [[2008]], לאחר חצי עונה שבמהלכה כבש שלושה שערים לזכות המועדון, שוחרר יצחקי מגנק לאור בקשתו לחזור לבית"ר ירושלים, וחתם בשורותיה לארבע שנים.{{הערה|1={{one|[http[אופירה אסייג]]|רשמית://www.one.co.il/Cat/Articles/Article.aspx?id=120049&Bz=1&categoryid=1&tableid=1 ברק יצחקי חוזרסיכם לביתל-4 עונות בבית"ר ירושלים לאחר חצי שנה בבלגיה], באתר [[ONE]]{{כ}}, |120049|19 ביולי 2008}}.}} בעונת [[עונת 2008/2009 בליגת העל בכדורגל|2008/2009]] היה שותף לזכייתה של בית"ר ירושלים ב[[גביע המדינה בכדורגל|גביע המדינה]], ואף סיים כ[[מלך השערים]] של הליגה בצוותא עם [[אלירן עטר]] ו[[שמעון אבו חצירא]] כשבמאזנו 14 שערים. באותה עונה סיים גם כמלך הבישולים של הקבוצה. בעונת [[עונת 2009/2010 בליגת העל בכדורגל|2009/2010]] הבקיע 16 שערי ליגה, מתוך 22 שערים בכל המסגרות, וסיים במקום השלישי בטבלת מלך שערי הליגה אחרי [[שלומי ארבייטמן]] ו[[איתי שכטר]].
ב-[[10 ביוני]] [[2010]] חתם יצחקי ב[[מכבי תל אביב (כדורגל)|מכבי תל אביב]] לארבע שנים עם אפשרות לשנה נוספת עבור שכר של 550 אלף דולר לעונה.{{הערה|1=[http://sports.walla.co.il/?w=/157/1685186{{וואלה!|רענן ברנובסקי|יצחקי חתם במכבי תל אביב: "אני מודע לציפיות"], באתר [[וואלה!]], |1685186|10 ביוני 2010|sports}}}}. מכבי תל אביב שילמה עבור כרטיסו של ברק יצחקי כ-2,000,000 דולר, המחיר הכי יקר לשחקן ישראלי במעבר בין קבוצות בישראל באותה תקופה. ב-[[23 באוגוסט]] 2010, במהלך מחזור הליגה הראשון בין מכבי תל אביב ל[[מכבי חיפה (כדורגל)|מכבי חיפה]], קרע יצחקי את [[פציעה ברצועה הצולבת הקדמית|הרצועה הצולבת]] בברכו הימנית. בעקבות הפציעה החמיץ יצחקי כמעט את כל עונת [[עונת 2010/2011 בליגת העל בכדורגל|2010/2011]] אך חזר לשחק במחזור ה-33 ב-[[7 במאי]] [[2011]] מול מכבי חיפה. ביולי 2011 בחר אותו מאמן מכבי תל אביב, [[מוטי איווניר]], להיות [[קפטן (ספורט)|קפטן]] הקבוצה.
ביוני [[2012]] הודיע מנהלה המקצועי החדש של מכבי תל אביב, [[ז'ורדי קרויף]], שיצחקי לא בתוכניות הקבוצה לעונה הבאה, ויצחקי חתם על הסכם השאלה לעונת {{בספורט|2012|2013}} ב[[אנורתוסיס פמגוסטה]] מ[[ליגת העל הקפריסאית]]{{הערה|1=[http://www.maccabi-tlv.co.il/iw/news/news-articles/%D7%91%D7%A8%D7%A7-%D7%99%D7%A6%D7%97%D7%A7%D7%99-%D7%94%D7%95%D7%A9%D7%90%D7%9C-%D7%9C%D7%90%D7%A0%D7%95%D7%A8%D7%98%D7%95%D7%96%D7%99%D7%A1/ ברק יצחקי הושאל לאנורתוזיס], באתר מכבי תל אביב, 30 באוגוסט 2012}}, אליה הובא על ידי המאמן [[רוני לוי]], שפוטר בהמשך העונה.
אחרי עונת השאלה מוצלחת בקפריסין חזר יצחקי למכבי תל אביב.{{הערה|1=[http://sports.walla.co.il/?w=/7/2651430{{וואלה!|רענן ברנובסקי|מכבי תל אביב: ברק יצחקי צפוי להישאר בקבוצה], באתר [[וואלה!]], |2651430|15 ביוני 2013|sports}}}}. בהופעת הבכורה המחודשת שלו במדי הקבוצה כבש שער בדרך לניצחון 2–0 על [[גיור (כדורגל)|גיור]] ה[[הונגריה|הונגרית]], במסגרת מוקדמות [[ליגת האלופות]]. במשחק החזרה שלו לליגת העל כבש יצחקי שער כבר לאחר 48 שניות במחזור הראשון, במשחק החוץ נגד [[הפועל עכו]]. במחזור ה-16 לעונת [[עונת 2013/2014 בליגת העל בכדורגל|2013/2014]] הבקיע שער במספרת בניצחון 3–1 על [[מכבי חיפה (כדורגל)|מכבי חיפה]], אשר נבחר לשער השבוע של [[אופ"א]]{{הערה|{{ynet||שער השבוע של אופ"א: המספרת של יצחקי|4475386|10 בינואר 2014}}}}. ב-[[27 בפברואר]] [[2014]], במהלך חימום לקראת משחק החוץ במסגרת שלב 32 האחרונות של [[הליגה האירופית]] בין מכבי תל אביב ל[[פ.צ. בזל]], קרע יצחקי את הרצועה הצולבת בברכו השמאלית וסיים את העונה. יצחקי חזר לשחק רק בדצמבר אותה שנה כשעלה כמחליף במשחק חצי גמר גביע הטוטו מול [[הפועל חיפה (כדורגל)|הפועל חיפה]]. במהלך תקופתו במכבי תל אביב זכה עם הקבוצה פעמיים באליפות, פעם אחת בגביע המדינה ופעמיים בגביע הטוטו.
ב-[[14 במאי]] [[2018]] הודיע יצחקי על פרישה ממשחק פעיל בסיום עונת [[עונת 2017/2018 בליגת העל בכדורגל|2017/2018]], ולמחרת ערך את הופעתו האחרונה בקריירה כאשר ונכנס כמחליף במשחק מול קבוצתו לשעבר בית"ר ירושלים. בתום העונה קיבל תפקיד בצוות המקצועי של מכבי תל אביב{{הערה|{{Ynet|משה שיינמן ונדב צנציפר|ברק יצחקי הודיע על פרישה|5260178|14 במאי 2018}}}}.
|
