פרץ הכהן – הבדלי גרסאות

חיבור נוסף של רבי פרץ הוא ספר '''מערכת האלהות''' שעוסקת בעיון קבלי על פרשיות החומש. הספר מכיל עניינים כלליים ובסיסיים בתורת הקבלה עוד מאות שנים לפני התגלות תורת ה[[אר"י]], לא ברור האם דרש תוכן הספר בבית כנסת במתכונות של דרשה לקהל הרחב או בפורום מצומצם יותר, בכל מקרה מדובר בדרשות מעמיקות שטוענות הכנה של ידיעת קבלה. כדוגמאכדוגמה מהבטתו על התורה ממבט יסודיי מצינו שהרב מגדיר ומשווה כל עניין ועניין של חטא ועבירה שבכל התורה (לדוגמאלדוגמה [[חטא עץ הדעת]], דור [[המבול]], [[דור הפלגה]], [[סדום ועמורה|אנשי סדום]], [[קורח|קורח ועדתו]] ועוד) כבאים '''מאותו מקור''' ספציפי של רע, עם '''מטרה''' להגיע אל כוונה שווה -פירוד אלהות מן העולם.

המפורסם מבין חביריו הוא '''[[ר"ן|רבינו ניסים]]''', שהתייחס לרבנו פרץ בידידות וקירבה ואף עזר לו להגיע ל[[ברצלונה]]. יש אומרים שהיחס להר"ן כלפיו היה כעין יראת כבוד כתלמיד אל רבו, עד שמתארו בכינוי '''מורנו הרב הכהן הגדול'''<ref>ספר מקורות ומחקרים ע' קעז</ref>, גם מובא שניכר היה רבי פרץ בעיני העם כחותך הלכה פסוקה עד שבשנת [[ה'קי"ז]] מצינו שהוא והר"ן נמנו על ידי המלך<ref>ככל הנראה הנהו מלך [[פדרו הרביעי, מלך אראגון]]</ref> לפסוק דין-תורה בעניןבעניין [[ירושה]]<ref>ספר תולדות היוהדים בספרד</ref>.