לקראת תחילת עונת 2006/07, מונה ארדילס למאמן בית"ר ירושלים, בהחליפו את המאמן הקודם לואיס פרננדז. כבר בתחילת העונה הודחה בית"ר מגביע אופ"א ומעמדו של ארדילס בקבוצה החל להתערער. לאחר הפסד למכבי נתניה במחזור החמישי, פוטר ארדילס מבית"ר ובמקומו הגיע לקבוצה יוסי מזרחי.