הקבוצה הוקמה בשנת 1967, כאחד מצוות המועדונים שייסדו את ליגת הכדורסל הקפריסאית. לעומת יריבתה העירונית אקא לימסול, לאפולון אין אפילו אליפות אחת בכל שנותיה בליגה. לעומת זאת, משנת 1999 החלה הקבוצה לפרוח ולהאבק על תארים. הגיעה 4 פעמים לגמר הפלייאוף ו-6 פעמים הגיעה לחצי גמר הפלייאוף, פעמיים זכייה בגביע הקפריסאי ועוד גמר גביע. וזכייה בסופרקאפ הקפריסאי. מאז 2007 הספונסר הראשי של הקבוצה הוא רשת המזון "פיצה אקספרס".
החל מעונת 1999/00 משתתפת במפעלים אירופאים. לרוב בגביע קוראץ'. בעונת 2000/01 הודחה על ידי קבוצת המופארם ורשאץ' בשלב המוקדמות. בעונת 2005/06 הודחה על ידי חימיק יוז'ני בשלב שמינית הגמר של היורוקאפ צ'לנג'. ובעונת 2006/07 הודחה בשלב חצי גמר היורוקאפ צ'לנג' על ידי צסק"א סמרה שלבסוף זכתה בגביע. בעונת 2012/13 ניצחה הקבוצה במוקדמות היורוצ'לנג' את קבוצת "דוקס קלוסטנויבורג" מאוסטריה, בסיכום שני מפגשים, והגיעה לשלב הבתים.
גיורגוס פאפאס
תאודורוס חרלמבוס
סיניסה אברמובסקי
קורי קאר
מארק אנדרוסקה
ולדימיר זוגוביץ'
פאבל איגליסקי
פטר מאלס
פניוטיס נאניס
מאריס לקסה
אתר האינטרנט הרשמי של אפולון לימסול
