חשמונאים – הבדלי גרסאות

בעוד שהפרושים ראו בסנהדרין ובנציגי העם שותפים מלאים לשלטון, העדיף ינאי לשלוט ללא שותפים. הפרושים ראו בכך סטייה מהחלטת מועצת העם בימי שמעון, אשר היוותה את הבסיס לשלטונו של ינאי. הסכסוכים הפנימיים האלו הובילו בסופו של דבר ל[[מלחמת אחים]], שכתמריץ לה שימשה העדפתו של ינאי את סיעת הצדוקים, וסכסוך עם גיסו, [[שמעון בן שטח]], ראש סיעת הפרושים. הסכסוך נמשך 6 שנים, ולפי עדותו של [[יוסף בן מתתיהו]] הפיל חמישים אלף הרוגים, כשינאי מדכא את ההתקוממות באכזריותב[[אכזריות]] רבה בעזרת חיל שכירים. במסגרת הענישה הוא הורה להמית בצליבה כשמונה מאות מורדים. אם כי המספרים נחשבים בעיני חוקרי זמננו כמופרכים מעיקרם, יש בהם כדי להצביע על עוצמת הבעייתיות שבתחומי ממלכתו של אלכסנדר ינאי.