ישיבת מרכז הרב – הבדלי גרסאות

בקיץ 1997, הציעו הרשויות לרב שפירא להקים בתוך הישיבה מכון הכשרה להוראה עבור התלמידים: מכון דומה כבר פעל בסמוך, והחילוק היה העברת הכספים ישירות אל מרכז הרב. באופן בלתי-צפוי שהמם את המשקיפים, הרב טאו התקומם בתוקף על היוזמה ותבע מהתלמידים שניגשו למכון לחזור בהם, וראש הישיבה איים בתגובה לסלקם. הפולמוס בין השניים התלקח בכל עוזו. הרב טאו ונאמניו תקפו את המכון המוצע בחמה שפוכה, כשהם מתארים אותו במונחי תפישתם המטאפיזית: בעיניהם, הייתה זו מזימה של הכוחותכוחות מתנגדי הגאולה ומבקשי ההתבוללות של עם ישראל לטמא את לב הקודש, הוא ישיבת מרכז הרב, ולפגוע בטוהר התורה הנלמדת שם.{{הערה|לניתוח מדוקדק של טענותיהם, ראו: ישי רוזן-צבי, "מטפיזיקה בהתהוותה: הפולמוס בישיבת מרכז הרב - עיון ביקורתי" בתוך '''מאה שנות ציונות דתית: היבטים רעיוניים'''. הוצאת אוניברסיטת בר-אילן, 2003.}} הרב שפירא השעה את הר"מים שהיו מעורבים בהתנגדות, שכללו את כל אלו שעסקו בענייני אמונה. כמעט כל הרבנים יוצאי מרכז הרב תמכו בעמדתו. הרב טאו סירב להצעות התיווך ולכל פשרה, תוך שהוא נתלה בחשיבות המטאפיזית של עניין המכון. הוא פרש ממרכז הרב יחד עם רבים מהר"מים, מהאברכים והתלמידים, ובראשית תשנ"ח הקים את [[ישיבת הר המור]]. במרכז הרב נותרו תומכי הרב שפירא, כמו גם מספר ר"מים שהתנגדו לפגיעה בכבודו.{{הערה|1=אברמוביץ, עמ' 39-40.}}