מרדכי אלון – הבדלי גרסאות

בשנת תשס"ו ([[2006]]) הודיע הרב אלון על יציאה לחופשה והפסקת השיעורים הקבועים ללא ציון סיבה ברורה למהלך. מאוחר יותר התברר כי הדבר אירע בעקבות חתימתו על מסמך הגבלות שהוטלו עליו על רקע חשדות ל[[מעשה מגונה|מעשים מגונים]]. מאז מיעט בעריכת [[חתונה|חתונות]] ובהגעה ל[[הלוויה|לוויות]]. על אף יציאתו לחופשה המשיך לשמור על קשר עם "מבראשית" ועם "[[ישיבת הכותל]]". הוא עבר להתגורר במושבה [[מגדל (יישוב)|מגדל]]. ב-[[31 בדצמבר]] [[2007]] הודיע רשמית על פרישתו מראשות ישיבת הכותל ועל מעבר מרב "דורש" לרב "כותב", והחל לכתוב את פירושו על [[חמישה חומשי תורה]]. בשנת תשס"ח ([[2008]]) העביר במגדל שיעורים בימי חמישי בלילה עד לפנות בוקר, ב[[פרשת השבוע]] ובנושאי ה[[חגי ישראל ומועדיו|חג]] המתקרב. רבים מתלמידיו, שלא יכלו לשמוע את שיעוריו במשך תקופה ארוכה הגיעו לשיעור זה, שלרגל הביקוש עבר מ[[בית כנסת]] קטן לאמפי בית הספר ביישוב.

לאחר ההרשעה המשיך הרב אלון להעביר שיעורים ב[[רמת אשכול]] בירושלים, ב[[חצור הגלילית]], ב[[מרכז שפירא]] עד שנת 2018 (ראו להלן).

את פרסומו רכש הרב אלון בשל שיעורי [[פרשת השבוע]] שהעביר ב[[בית הכנסת ישורון]] בירושלים ובמכון ש"י שב[[אוניברסיטת בר-אילן]], ובהמשך גם ב[[הערוץ הראשון|ערוץ הראשון]] (ב[[יום שישי|ימי שישי]]). בתקופה מסוימת שודרו השיעורים אף ברדיו ב[[ערוץ שבע]], ב[[קול ישראל|רשת א וברשת מורשת]] וב[[רדיו קול חי]], וב[[טלוויזיה]] ב"[[ערוץ התכלת]]" שפעל בשידורי ה[[טלוויזיה בכבלים]] במשך כמה שנים. חלק משיחותיו על פרשת השבוע שוכתבו ויצאו לאור בסדרת חוברות בשם '''תכלת מרדכי''', שקובצו בהמשך לספרים. על חוברות אלה זכה ב[[פרס הרב מימון]] לשנת [[ה'תשס"ב]].