נשואה ל[[רפואת ילדים|רופא ילדים|רופא הילדים]] [[אשר ברק]], ולהם שלושה ילדים. משנת [[2011]] היא [[צמחונות|צמחונית]].{{הערה|איתן לשם, "[https://www.haaretz.co.il/gallery/music/1.4051288 מי ששונא את ישראל אני אומרת לו ישר 'תרגיע'": אחינועם ניני לא מתנצלת], הארץ, 28 באפריל 2017}}{{הערה|[https://www.youtube.com/watch?v=u48JJ406kFQ אחינועם ניני: האיש שהרעיד את אמות הסיפים של נשמתי], בערוץ היוטיוב כלובים ריקים, 24 ביולי 2011}}
