שיטת המשחקים בטורניר השתנתה בהשוואה לטורנירי המוקדמות הקודמים, ועיקר השינוי היה ששתי הנבחרות הראשונות בכל בית העפילו ישירות לטורניר. משמעות השינוי הייתה שלא נערכו משחקי פלייאוף בין הקבוצות שסיימו במקום השני בכל בית. בית מספר 1 הכיל שמונה נבחרות, ויתר הבתים הכילו שבע נבחרות. הגרלת משחקי המוקדמות נערכה בעיירה מונטרה שבשווייץ ב-27 בינואר 2006.
במהלך ההגרלה נעשה שימוש במקדמי מוקדמות על מנת לדרג את הנבחרות לפי הישגיהן במוקדמות יורו 2004 ומוקדמות מונדיאל 2006. רק משחקי הבתים, ולא משחקי פלייאוף נוספים, נלקחו בחשבון לצורך חישוב המקדמים, שקבעו את קבוצת הדירוג של כל נבחרת.
פורטוגל אירחה את יורו 2004 והעפילה אליו אוטומטית, ולכן היא דורגה בהתבסס רק על מוקדמות מונדיאל 2006.
גרמניה אירחה את מונדיאל 2006 והעפילה אליו אוטומטית, ולכן היא דורגה בהתבסס רק על מוקדמות יורו 2004.
קזחסטן הצטרפה לאופ"א בשנת 2002 ולא השתתפה ביורו 2004, ולכן היא דורגה בהתבסס רק על מוקדמות מונדיאל 2006.
סרביה ומונטנגרו התפרקה ביוני 2006, לאחר ההגרלה ולפני תחילת המשחקים. אופ"א הכירה בסרביה כיורשתה של הישות שהתפרקה. מונטנגרו התקבלה לאופ"א רק ב־2007, ולא השתתפה בטורניר זה.
אוסטריה (1.333) ושווייץ (1.833) העפילו אוטומטית כמארחות, ולא השתתפו בטורניר המוקדמות.
במקרה ששתי נבחרות או יותר סיימו עם מספר נקודות זהה במשחקי שלב הבתים נקבע הדירוג שלהן לפי מספר הנקודות הגבוה יותר שהושג במשחקים בין שתי הנבחרות, הפרש שערים עדיף במשחקים בין שתי הנבחרות, מספר השערים הכולל שהובקעו במשחקים בין שתי הנבחרות או מספר שערי החוץ הגבוה ביותר שהובקעו במשחקים בין שתי הנבחרות. אם גם לאחר הפעלת קריטריונים 1–4 נותרו שתי נבחרות או יותר עם דירוג זהה, אזי נקבע הדירוג לפי התוצאות בכל משחקי הבית תוך קביעת הפרמטרים הבאים: 1. הפרש שערים גבוה יותר 2. מספר שערים גבוה יותר שהובקעו 3. מספר שערי חוץ גבוה יותר 4. דירוג הגינות. אם גם מצב זה לא פתר את הבעיה נקבע כי תיערך הגרלה.
ארמניה ואזרבייג'ן השתתפו ב-12 משחקים כל אחת בעקבות החלטתה של אופ"א לבטל את שני המשחקים ביניהן. שתי המדינות היו מסוכסכות בסוגיית גבולות, בעקבותיה סירבה אזרבייג'ן לארח את ארמניה ודרשה לערוך את שני המפגשים במיקום נייטרלי. הארמנים, מנגד, הודיעו כי הם מוכנים לארח את האזרים ולהתארח אצלם למשחק הגומלין. אופ"א ניסתה לפשר בין שתי המדינות, אך לאחר שכל הצעות הפשרה כשלו היא הודיעה כי שני המשחקים מבוטלים וכי הקבוצות לא יקבלו עליהם נקודות.[1]
צ'כיה וגרמניה העפילו ליורו. הניצחון 13–0 של גרמניה על סן מרינו היה הניצחון הגדול ביותר במוקדמות היורו, ושבר את השיא שנקבע בניצחון 12–1 של ספרד על מלטה במוקדמות יורו 1984.
קרואטיה ורוסיה העפילו ליורו. אנגליה דורגה במקום ה-9 בדירוג פיפ"א בזמן המוקדמות, והייתה הנבחרת הבכירה ביותר שלא העפילה. ישראל אירחה את אנדורה בעיר ניימיכן שבהולנד בגלל החלטת אופ"א לאסור על קיום משחקים בארץ כל עוד מלחמת לבנון השנייה נמשכת. האיסור בוטל לאחר תום המלחמה.
ספרד ושוודיה העפילו ליורו. המשחק בין דנמרק לשוודיה, שנערך באצטדיון פארקן שבקופנהגן ב-2 ביוני2007, הופסק שאוהדי דני התפרץ למגרש ותקף את השופט הרברט פאנדל. האוהד זעם על כך שהשופט העניק בעיטת עונשין לשוודיה בדקה ה-89, בשעה שהתוצאה עמדה על 3–3, והרחיק את הקשר הדני כריסטיאן פאולסן, לאחר שזה הכה את מרקוס רוזנברג בבטנו. המשחק הופסק בעקבות התקרית, ובשימוע משמעתי שנערך ב-8 ביוני החליטה אופ"א להעניק ניצחון טכני 3–0 לשוודיה. שוודיה היא גם הנבחרת בעלת דירוג פיפ"א הנמוך ביותר (30) שהעפילה ליורו.
תיקו 0–0 בין אלבניה וסלובניה בסיכום שני המשחקים. הפרש שערים כללי: אלבניה 6–, סלובניה 7–.
רומניה והולנד העפילו ליורו. ניצחון החוץ 1–0 של לוקסמבורג על בלארוס, הושג בזכות שער בדקה החמישית בתוך תוספת הזמן, והוא היה הניצחון הראשון שלה מזה 12 שנים.[2]