נולד בצפת לרבי יצחק די אוזידא. למד בבית מדרשו של רבי אלישע גאליקו, ובהשראתו הפך לדרשן נלהב. בהמשך ייסד ישיבה גדולה שעסקו בה בנגלה ובנסתר.
נודע בחיבורו על פרקי אבות בשם מדרש שמואל. חיבור זה בחלקו הגדול הוא אנתולוגיה - מעין "שיטה מקובצת" - לפירושים אחרים על המסכת, בתוספת פירושים משלו מדרשות שנשא לקהל שומעיו. החיבור נדפס לראשונה בחייו בויניציה בשנת של"ט (1579), שלוש פעמים נוספות בחיי המחבר, ובמשך השנים נדפס עשרות פעמים, הספר הוא מקור חשוב, הואיל ורבים מהפירושים אותם מצטט הרב אוזידא אינם בידינו כיום.
כמו תלמיד אחר של האר"י, רבי משה אלשיך, די אוזידא עסק בספריו בעיקר בתחום הדרש ולא התמקד בקבלה.
לאחר פטירת האר"י בשנת של"ב (1572) המשיך ר' שמואל ללמוד קבלה אצל ר' חיים ויטאל, והוא חתום בשנת של"ה (1575) על שטר ההתקשרות של חבורת תלמידי האר"י שהכירו בר' חיים ויטל כיורשו הרוחני.[1]
