אחר נישואיו עבר לגור בבית וגן, והצטרף לכולל "תפארת שרגא" בראשות הרב משה שמעון מירניק, בו למד במשך שלושים שנה[4]. במקביל, למד גם בכולל שעל ידי ישיבת קול יעקב במשך 15 שנה, ונחשב מקורב לרב יצחק דזימיטרובסקי ולרב יהודה עדס, אשר אותו הוא מכנה מורי ורבי[5].
במשך השנים היה בקשר קרוב גם עם הרב בן ציון אבא שאול שהתבטא עליו "ידידי ורב חביבי הרב המובהק המופלג בתוי"ש איש האשכולות בקי וחריף טובא"[6].
בשנת ה'תשמ"ד התמנה לרב קהילת אהל משה בהר נוף. החל משנת ה'תשנ"ג מכהן גם כאב בית הדין כתר תורה בהר נוף, וכראש כולל "כתר תורה" שהוקם על ידי אביו.
בשנת ה'תשע"ח ייסד את ישיבת "שפתי חיים" לצעירים בשכונת הר נוף[8][9], והוא מכהן בה כראש הישיבה. בשנת ה'תשע"ט עברה הישיבה למשכנה החדש[10].
החל משנת ה'תשע"ו מכהן כנשיא איגוד עמלי התורה המונה תחתיו עשרים ושש קהילות אברכים מבני ספרד בירושלים, וכל הנעשה בקהילות הללו נעשה על פיו[11]. כמו כן מכהן כנשיא וכרב קהילות בבית שמש, פוריה[12], חריש ועוד. בשנת ה'תשע"ח ערך איגוד עמלי התורה כינוס באולמי תמיר ונכחו בו כ-700 אברכים[13]. כיום בקהילות שבנשיאות הרב זעפראני חברים לפי הערכות כשלושת אלפים אברכים, מבני קהילות ספרד[14].
הרב זעפראני מרבה לעסוק בנושאים אקטואליים, בדיני ממונות בשאלות העולות בבית הדין, או בשאלות אקטואליות הנשלחות אליו מציבור האברכים בקהילות שבנשיאותו. על פי רוב, הוא עוסק בספריו בדברי הגמרא והפוסקים הראשונים ובחקר והעמקה בהם, ופחות בהבאת ציונים רבים ומראי מקומות.
פסק שמותר על פי ההלכה לרוב השכנים לכוף את דעתם על מיעוט השכנים כדי לאשר חוק פינוי בינוי על דירתם, כאשר מוסכם על רב או דיין בצד ג' שהעסקה כדאית[16].
באייר תשע"ו הצטרף וחתם על פסק הדין של הרב אברהם שרמן נגד הסכמי קדם נישואין[17].
הרב זעפראני מצדד בחובת שמירת חוקי המדינה כחובה הלכתית, ופסק לאסור לפקיד עובד ציבור הממונה על הקצאת מגרשים, לקבל "מתנות אישיות" על מנת לזרז את תהליך ההקצאה, ואף אסר על הנותן לתת, על אף שנותן בכדי לדחות משחדים אחרים[18].
במשך שנים הרב זעפראני נמנע מהשתייכות באופן מובהק לצד פוליטי כלשהו בציבור החרדי. הוא החזיק בקשר קרוב ומתמשך עם הרב שמואל אויערבאך וקבל ממנו הסכמה לספריו. הרב אויערבאך מכנהו "ידידי וחביבי יקר היקרים"[20]. מאידך, קשור לרבים מחברי מועצת גדולי התורה של דגל התורה, ובפתיחת ישיבת שפתי חיים עלה למעונם של הרב חיים קניבסקי והרב גרשון אדלשטיין[9].
שלמה בן יצחק זעפרני, דף שער בספרייה הלאומית