נולד בשנת ה'תקס"ו (1806), בתאפילאלת שבמזרח מרוקו, לרבי מסעוד, דור תשיעי לרבי שמואל אלבז, משפחה רמת יחס (לימים תכונה "אבוחצירא"). בצעירותו למד אצל אביו תנ"ך וטעמי המקרא ולאחר מכן משנה ותלמוד.
בידי צאצאיו ישנה מסורת שכבר בגיל שש עשרה היה מלא וגדוש בפרד"ס התורה, וזכה לדברי שבח מפי רבו הרב מרדכי בן שאול, אשר חיבר שיר לכבודו. לאחר שנסמך לרבנות על ידי הרב ישועה דנינו, החל לשמש כמנהיג הקהילה בתאפילאלת, ושימש בה כרב, מנהיג ודרשן עשרות שנים.
כבר בשנות השלושים לחייו, נחשב לאחד מגדולי רבני ופוסקי דורו, ועדות למעמדו הן שאלות שנשלחו אליו מכל גדולי מרוקו בדורו, שחלקן מובאות בספרי השו"ת של חכמי זמנו[1].
בנו ותלמידו, רבי אהרן, בהקדמה לספרו "דורש טוב", מעיד שאביו היה לומד בכל לילה 18 פרקי משנה בעל פה, וחוזר ולומד בפסוקים ובגמרא, ולא ישן אלא שנת ארעי, ומתעורר וקורא תיקון חצות, ולומד ספרי קבלה עד שעלה האור, ומשם הולך לבית הכנסת לתפילת שחרית, הוא ראש העשרה, ושם היה יושב ועוסק בתורה.
בנו ותלמידו, הרב יצחק, בהקדמה לספרו "מחשוף הלבן", מעיד שאביו מעולם לא שח שיחת חולין, וכשהיה ער לא שכב בפאת המיטה ומעולם לא חטפתו שינה, וכל אכילתו ושתייתו היו במידה, במשקל ובמשורה, ורוב ימיו היו בתעניות לכפר על ישראל.
הרב שלמה חיון, תלמידו המובהק, ששהה תדיר במחיצתו, וכדבריו בהקדמה לספרו "פתוחי חותם" - "שלא זזה ידו מתוך ידו", מתאר את אורח חייו בזו הלשון: "בהבלי העולם הזה מאס, ובמעשה הצדקה פזר ונתן לאביונים ולחכמים עמלי תורה".
רבי יעקב נהג להתבודד בלימודו שרובו היה בתורת הקבלה. נודע בגינוני קדושה, והתפרסם כבעל מופת ונס בערי המערב, במצרים, ובארץ ישראל. סופר שזכה ונגלה אליו אליהו הנביא. רבים היו באים אליו ממקומות שונים להתברך מפיו, והוא היה נערץ גם על ההמון המוסלמי בארצו ונכבדיו, והשתמש במעמדו לטובת היהודים. כן עסק בצרכי עדתו, בתיקון צורכי דת, שלום בית, והיה מכתת רגליו לאסוף כסף לחלקו לעניים.
רבי יעקב אהב מאוד את ארץ ישראל ושאף לעלות אליה, אך בני קהילתו בתאפילאלת התנגדו, עיכבו ומנעו ממנו לעזוב אותם. הוא ניסה לעלות לארץ שש פעמים, ורק בפעם השישית, בשנת ה'תר"ם (1879), הצליח לשכנע את בני קהילתו, שבנו רבי מסעוד, יכול לשמש כרב הקהילה במקומו, והם הניחו לו לצאת לדרכו.
בדרכו לארץ ישראל עבר דרך אלג'יריה, תוניסיה, לוב ומצרים. בט"ו בטבת הוא הגיע לאלכסנדריה ושהה בה מעט, ובי"ז בטבת הגיע לעיר דמנהור הסמוכה, והתארח אצל משה סרוסי, שם חלה לפתע קשות, ונפטר בכ' בטבת ה'תר"ם (4 בינואר 1880) ונקבר בדמנהור.
יום פטירתו נקבע ליום הילולא, והמון מיהודי מצרים ומחוצה לה נהרו בו להשתטח ולהתפלל על קברו, אך ברבות השנים והתמעטות היהודים במצרים פחת מספר העולים לקברו. מפעם לפעם הגיעו קבוצות יהודים מהארץ ומהתפוצות, חלקם בראשות בני משפחתו וצאצאיו, לאוהל קברו. בשנת 2012 נערכה ההילולא האחרונה ואחר כך פסקה כי נאסרה על ידי השלטונות. בדצמבר2022 הגיעה משלחת מישראל באישור השלטונות ושיפצה את הקבר. המטרה להמשיך ולשפצו ולקיים בעתיד הילולות נוספות[2]
רבי יצחק[3] - מחבר הפיוט "אעופה אשכונה" (בגיל 14). נרצח בי"ד בשבטה'תרע"ב בידי שודדים ערבים, בעת שיצא לגייס כספים לצדקה. קברו שבתולאל שמור מאוד וכמותו גם בית המדרש המפואר שלצידו[4].
במשנתו התורנית התמקד רבי יעקב ועסק רבות בעיקר בתורת הקבלה והנסתר. אך על אף החשיבות הרבה שראה בלימוד זה, התנגד ללימוד הקבלה בלא לימוד הפשט והתלמוד קודם, וכך כתב בהקדמתו לספרו "אלף בינה": ”ובלא התלמוד לא שייך שיגיע אדם לידיעת התורה”. כן המליץ על סדר הלימוד אותו למד:
"דבתחילה לומד אדם המקרא ואחר כך לומד המשנה ואחר כך לומד הגמרא ואחר כך לומד ההלכות על בוריים ואחר כך העיקר הוא הסוד על אמיתתו"
רבי יעקב חיבר עשרות שירים לכל מועדי השנה, אשר קובצו יחד לספר יגל יעקב. הוא היה הראשון במשפחת אבוחצירא אשר חיבר שירים (או לכל הפחות פרסמם), ושאר צאצאיו הלכו בדרכו.
ספרו "גנזי המלך", מהדורה ראשונה (ה'תרמ"ט).יורו משפטיך ליעקב - שאלות ותשובות, מכיל 145 תשובות, רובן בדיני ממונות, ומיעוטן בהלכות אבילות וגיטין. הודפס לראשונה בירושלים בשנת ה'תרמ"ג (1883). בשנת ה'תש"ן (1990) הדפיס אחד מצאצאיו, הרב שמואל אבוחצירא, ביבנה, מהדורה חדשה ומתוקנת של הספר).
שערי ארוכה - ספר מוסר לימים נוראים ולחודש תשרי. הודפס בירושלים בשנת ה'תרמ"ג (1883).
ערך מורחב – משפחת אבוחצירא
יעקב בן מסעוד אביחצירא (1805-1880), דף שער בספרייה הלאומית